棉签最常见的用途是清洁或抚摸耳道和/或去除耳垢。棉签也经常在个人卫生领域之外使用，通常用于塑料模型盒的建造，用于装饰或涂漆过程中的各种应用。
不要在耳道内放置棉签。用棉签取出耳垢，有可能会让耳垢从原来的地方脱落，堆成一堆，更容易深入耳道，堵塞耳朵，从而引起疼痛、听力问题、耳鸣或头晕，必要时可能还需要药物治疗来解决。再有棉签可能进入得太深，引起耳膜破裂。
合理选购：
1、超市里卖的棉签绝大多数没有经过灭菌处理，适用于化妆等普通的清洁工作。如果是处理伤口，最好使用无菌棉签，比如医院开的或从药店购买。
2、无菌棉签里，一种是由黄色纸包裹着，这种棉签经过高温、高压消毒，在未开封的情况下，通常可以保质两周。南方天气潮湿，包装纸易受潮，保质期可能缩短到一周左右。另一种是由环氧乙烷气体灭菌，用塑料袋包装或盒子密封，保质期约2到3年。
