13集（姆克儿加油！）姆克儿进化姆克鸟
剧情简介：在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟神奇宝贝的女性「夕雁」。
经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟神奇宝贝的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟神奇宝贝数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！
85集（缘之时装大会！通往神奇宝贝风格设计师之路）天蝎进化天蝎王
剧情简介：抵达缘之市的小智一行人，前往缘之道馆挑战上次因为道馆训练家不在而无法进行的道馆赛。但是这次又因为道馆训练家不在所以无法对战，让小智非常沮丧。这时候偶像神奇宝贝风格设计师芭莉丝与「兔子神奇宝贝」长耳兔一同现身。
接著看到小光的卷卷耳之後，她建议小光去参加明天举行的缘之时装大会。缘之时装大会是开放给所有人参加的神奇宝贝手工流行饰品发表会，而且，赢得优胜的话还可以登上神奇宝贝流行志成为特写人物。结果小光要让卷卷耳参加，小智也不知怎麼的决定让皮卡丘出场，但是…到底会怎麼样呢？
100集（劲敌训练家阿驯登场！）草苗龟进化树林龟
剧情简介：为了这次一定要和梅丽莎进行道馆赛，小智一行人再度来到缘之市。此时突然有个陌生训练家撞了过来！但是，那个训练家撞到人还毫无歉意，叫著「在搞什麼啊！」就跑走了。一时目瞪口呆的小智他们也记起「目的是道馆赛！」而重新鼓起斗志，结果却又白跑！
因为挑战一再受阻而失望的走在路上时，又再度与人相撞了！抬头一看就发现眼熟的身影。他的名字叫阿驯，看来是与搭挡帝王拿波一起以成为世界上最强的训练家为目标，而且还说崇拜的对象是真司！？小智到底要怎麼办呢？
118集（激烈冲突！象牙猪VS波士可多拉！！）姆克鸟进化姆克鹰
剧情简介： 朝著切锋市前进的小智一行人，正穿越广大的森林。半路上发现水壶已经没水可喝的小光，一个人去装水。此时波士可多拉突然出现出现在小光眼前，并且发动攻击！慌张逃命的小光在混乱中摔落山崖，被河水冲走了！
努力游上岸的小光，为了找小智他们而进入森林。结果波士可多拉又出现了！认为逃跑无法解决问题的小光决心应战，她选择的是唯一能与重量级的波士可多拉对抗的象牙猪！但是象牙猪又不听话了。小光与象牙猪，到底能不能渡过这次危机呢！？
132集（森林之王！巨蔓藤！！）小火焰猴进化猛火猴
剧情简介：小智一行人朝睡莲镇继续旅行。小光为了准备华丽大赛，与象牙猪努力练习。但是并不习惯表演绝招的象牙猪失败连连，最後还闹彆扭跑到森林里去了！它被急忙追上的小光说服，正要回去找大家的时候，草丛里出现有东西再动的声音！
象牙猪与小光警戒起来，接著眼前突然出现藤蔓神奇宝贝巨蔓藤，还以「吸收」攻击过来！象牙猪因为力量被夺走而动弹不得，但是巨蔓藤却不知为何靠了过来，留下了香柚！夺走力量又帮忙回复。这到底是怎麼回事！？
166集（集神奇宝贝保育家！席多蓝恩救援作战）树林龟进化土台龟
剧情简介：持续旅行的小智一行人在河边稍作休息，却发现从河的上流漂来一只大颚神奇宝贝大力鳄。仔细一看它的背上似乎有什麼东西！急忙上前查看的小智等人看见的，是一名失去意识的少年！清醒过来的少年说他是神奇宝贝保育家夏也，正在执行某项特别任务！
可是神奇宝贝保育家最重要的道具、本来在夏也手腕上的「捕猎游标」消失了！小智一行人见状，主动提意要帮忙。到底这个任务，能不能完成呢！？
