对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。
新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。
而同一时间小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。
扩展资料
神奇宝贝第三部其他译名：神奇宝贝DP，宠物小精灵钻石与珍珠，神奇宝贝钻石与珍珠，神奇宝贝第三部，宠物小精灵第三部。
小智来到了神奥地区踏上新的旅程，也换上了令人耳目一新的服装，一同旅行的伙伴中，除了固定班底-超爱大姐姐的小刚外，也增加了一位新女主角-小光。
历代神奇宝贝动画系列中，小智身边都会有位女主角一起共同冒险，初作女主角是自称美少女的小霞，超世代系列是一位可爱的活泼少女小遥，而本作【神奇宝贝-钻石&珍珠】则是一位个性爽快、有话直说的10岁小女孩-小光，她以新人神奇宝贝训练家身分出外冒险旅行，却在朝向神奇宝贝研究所的途中迷路，而小智刚好正准备展开在神奥地区新的旅程时，遇到了迷路的小光，因缘际会下两人便结伴同行。
另外神奇宝贝动画系列中不可缺少的搞笑灵魂人物-火箭队，在本作【神奇宝贝-钻石&珍珠】中当然还会出场搞笑作乱一番，那段让大家朗朗上口的出场名言，在此作中变得更加震撼人心，而最后仍是会以大家熟悉的画面「好讨厌的感觉」飞上天空消失于天际收场。
在神奇宝贝方面，除了最受欢迎的皮卡丘外，还将会有100多只可爱、帅气、活泼等各种不同类型的新神奇宝贝豋场。
