神奥地区的三座湖畔，分别由圣菇所守护。一周目流程结束后，首先来到双叶镇边上的心齐湖畔/神事湖畔(シンジこ)。通过冲浪可以抵达湖中心的小岛。
在内部主角只看到了一眼红圣菇的样子，随后其会消失，并开始在神奥各地游走。通过宝可表的地图追踪功能可以找到它的位置。请灵活运用喷雾器来遇敌捕捉。
Lv.50的红圣菇如果能逃跑则必定会选择逃跑，因此请准备黑色目光技能/踩影子特性(果然翁)来在后续冒险中进行捕捉。
随后，可以利用飞空先来到切锋市，向左进入睿智湖畔/英知湖畔(エイチこ)。
这一次洞窟内Lv.50的黄圣菇不会逃跑，可直接触发对战捕捉。如无特殊说明，这类定点的传说宝可梦只有一只。
最后前往湿原市。通过别墅区来到立志湖畔/律师湖畔。(リッシこ)这里在一周目时被银河团将水面抽干。现在这里已经恢复正常的样子，同样地，洞窟内则是Lv.50的蓝圣菇。捕获后即集齐三圣菇的图鉴。后续的红圣菇可能需要花费一些时间。
另外值得一提的是，BD版三圣菇的支线剧情在一周目天冠山迪亚鲁加剧情后(SP版则是帕鲁基亚)，即可进行，无需等待到二周目再触发。但是一周目剧情相对比较紧凑，因此不太会有人一周目来捉蘑菇。
