神奇宝贝无印
神奇宝贝动画的第一个系列，无印篇名是来区别它和较后的系列，对应游戏的第一、第二代。在无印篇中新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入神奇宝贝球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。 参加石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就派小智等人前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁。再次小智参加了神奇宝贝联盟－城都联盟的白银大会。 虽然小霞一开始是因为皮卡丘毁掉了小霞心爱的脚踏车才跟着小智，不过这却成为了她一同加入旅行的契机。类似的毁坏自行车的情节，也在接下来的两部中得到重现。
神奇宝贝超世代
主条目：神奇宝贝超世代（PokémonAdvancedGeneration） 神奇宝贝动画的第二个系列，对应游戏第三世代。城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。 超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
神奇宝贝钻石与珍珠
主条目：神奇宝贝钻石与珍珠（PokémonDiamond&Pearl） 神奇宝贝动画的第三个系列，对应游戏第四世代。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
钻石&珍珠系列中，一起旅行的主人公分别为小智，新人协调训练家小光，以及神奇宝贝培育家小刚。和超世代系列一样，小智和小刚都以新装登场。三人一同结伴旅行，展开了新的旅程。剧情的设定比之前更加深入。关于小智的道馆挑战和小光的华丽大赛的集数要比之前的系列更多，也有了更多的相会与别离，更多的劲敌和伙伴。本系列是目前地区篇中最长的。
在钻石&珍珠当中推出了两集总集篇，这两集其实日方是没有计入总集数的（照此方法计算实为189集），所以集数方面会和官方有所出入。
神奇宝贝超级愿望
主条目：神奇宝贝超级愿望（PokémonBestWishes） 神奇宝贝动画的第四个系列，对应游戏第五世代。和前两部类似的是超级愿望篇也以小智与皮卡丘前往新地区（合众地区）开始新的旅行而展开故事。
本系列中，小智依旧以新装登场，而上一部中的好友和同伴小光和小刚己经离开。小智的旅行同伴是在鹿子镇附近相遇，自称来自龙的故乡的神秘少女艾莉丝和三曜道馆的训练家天桐。
和前两部不同，艾莉丝不是协调训练家却自称要成为龙系神奇宝贝大师，因而前两部中戏份相当重的华丽大赛也不再出现。这点和多年前没有华丽大赛且女主角想成为水系神奇宝贝大师的无印系列十分相似。尽管在游戏黑白版中有名为“神奇宝贝音乐会”的类似华丽大赛会场的设施。 另外合众地方的乔伊和君莎小姐的设计也和以往不同，协助乔伊小姐和君莎小姐的神奇宝贝也不同，协助乔伊小姐的不再是吉利蛋或者幸福蛋，而是差不多娃娃。
在本部的播出进程中，也播出过《神奇宝贝钻石&珍珠》的特别篇，但由于并不属于超级愿望篇，因此没有计入本部集数。目前每周四晚在东京电视台播出。
TV系列剧场版：1998年：剧场版01－超梦的逆袭1999年：剧场版02－洛奇亚的爆诞2000年：剧场版03－结晶塔的帝王2001年：剧场版04－雪拉比的穿越时空遭遇2002年：剧场版05－水都的守护神AG系列剧场版：2003年：剧场版06－七夜的许愿星2004年：剧场版07－裂空的访问者2005年：剧场版08－梦幻与波导的勇者2006年:剧场版09－沧海的王子DP系列剧场版：2007年：剧场版10－决战时空之塔2008年：剧场版11－冰空的花束2009年：剧场版12—超克的时空2010年：剧场版13—幻影的霸者索罗亚克BW系列剧场版2011年剧场版将会存在两部比克提尼与黑英雄捷克罗姆比克提尼与白英雄雷希拉姆
