玩家可以在扭曲时空中捕获一些限定的宝可梦。扭曲时空是本作里面一个特殊的场地，游戏破完第一个主线后，各地区就会开始发生扭曲时空。在这里可以遇到平时不会遇到的宝可梦，还有不少稀有的进化用道具。
扭曲时空介绍及会出现的怪
扭曲时空发生的频率不高，所以遇到扭曲时空时千万不要错过。当扭曲时空出现时会有提示附近即将要扭曲时空，一次扭曲时空维持的时间约5分钟左右。
出现扭曲时空的提示后，千万不要去调时间，不然扭曲时空会消失，营地要补血选一下下就好。扭曲时空无法读挡出现。
这设计蛮讨人厌的，不能利用存档来刷扭曲时空的怪，因此看到扭曲时空的时候，请停下脚步放下手边工作，把包包清空，然后准备多一点水和球，进扭曲时空抓宝可梦和收集道具。
不同地区的扭曲时空才会出现不同的宝可梦。黑曜原野才会出的怪有耿鬼、原版狃拉、玛狃拉、叶伊布、仙子伊布等。红莲湿地才会出的怪有火球鼠、火岩鼠、火爆兽、多边兽等
天冠山麓才会出的怪有木木枭、投羽枭、狙射树枭、头盖龙、战槌龙、盾甲龙、护城龙、雷伊布、仙子伊布、鸭嘴炎兽。扭曲时空出现时，里面的地上会出现一堆道具，除了可以卖钱的星星沙子外，还有可以合成卖钱用的红蓝绿碎片。
