奥特曼格斗进化3共有9个操作按键，具体功能如下：
1、上————跳，连按两下或轻点一下为顺时针侧向移动，用来回避攻击。
2、下————蹲，连按两下或轻点一下为逆时针侧向移动，用来回避攻击。
3、左————后退或防，连按两下为后手翻。
4、右————前进或防，连按两下为跑（跑中按X可使出“骑”）。
5、START————游戏暂停。
6、□————普通攻击，连按为连续进攻（2连击，3连击等等），可配合方向键使出不同招数。
7、△————重攻击，可配合方向键使出同招数，可与普通攻击一起连击，击中后发必杀最好。
8、○————超重攻击（需要消耗能量），释放必杀技所必须。→○为小必杀，↓○为中必杀，←○为大必杀（技能格变成黄色的时候按O键防御大必杀）。
9、X————投技。与敌近身时按下后可使出摔投等技巧。大三大四配合前后二键可使出不同投技。
