我认为《火影忍者》中有未解之谜有以下这些：
斑爷为什么选择了长门而不是带土
宇智波斑可以说是一个凶猛的一代。作为因陀罗的转世，他的力量可以说是非常叛逆的。，但他并没有死，而是在右眼植入了伊邪那岐而存活并获得了柱间的细胞。利用柱间的细胞在临死前开启轮回眼，制造出外道魔像和上一次无限月读开启后产生的白绝，将轮回眼移植于长门身上。并且在第四次忍界大战中得以复活，但是探客一直有一个疑问，那就是斑爷为什么将轮回眼给了长门，当时的长门还小，这么珍贵的东西给了小孩子，是不是有点草率？斑为什么会选择长门而没有给同是宇智波家族的带土，论对瞳术的使用，带土肯定要更强！
疑团二：大蛇丸的最终目的
大蛇丸、自来也和纲手是霍颖三代的门徒，但他们的道路完全相反。大蛇丸喜欢研究各种各样的禁术，并且最后成为了叛忍，计划摧毁木叶，那大蛇丸所做的这一切是为了什么？想要长生不老吗，他已经做到了；想统一忍者世界，好像并没有这样的追求；想要世界和平，好像也不是，还有后来他为何要摧毁木叶杀死三代目呢？大蛇丸好像浑身是迷，永远让人看不懂，猜不透！
疑团三：木叶日向一族白眼之谜
白眼与写轮眼、轮回眼并称为火影三大瞳术，但是随着剧情的发展，写轮眼与轮回眼都相继爆发，但是作为与之齐名的白眼却显得实在普通，没有亮点，难道白眼就是这么弱吗？白眼也就前期发挥了点作用，但是到了后期完全是打酱油的存在，与其他两大瞳术相比差得太远，是岸本太偏心了还是岸本没把坑填上？所以我认为《火影忍者》中有未解之谜有以上这些。
