X和Y的区别在于部分PM的获取途径，以下为只能在X(Y)版中捕获的精灵:
X版本限定的宠物有:海星星、宝石海星、大甲、戴鲁比、黑鲁加、土狼犬、大狼犬、可可多拉、可多拉、波士可多拉、打击鬼、妖精系精灵ペロッパフ及其进化ペロリーム(像棉花的那只)、水系精灵
ウデッポウ及其进化ブロスター(龙虾)、妖精系神兽ゼルネアス(即X神)。
Y版本限定的宠物有:大舌贝、铁甲贝、赫拉克罗斯、由基拉、沙基拉、班吉拉、落雷兽、雷电兽、扒手猫、酷豹、投射鬼、妖精系精灵シュシュプ及其进化フレフワン(妖精系的鸟)、毒·水系精灵ウデッポウ及其进化ドラミドロ(海马，进化后为毒+龙)、恶·飞行系神兽イベルタル(即Y神)。
另外Mega进化所需的Mega石也存在版本限定。X版限定:喷火龙石X、超梦石X、赫拉克罗斯石、班吉拉石、雷电兽石。Y版限定:喷火龙石Y、超梦石Y、大甲石、波士可多拉石、黑鲁加石。
由此可以根据你对某些PM的喜好来选择版本。另外有条件联机的话，如果你的联机伙伴选择了某一版本，那么你大可以选择另一版本，通过专有宠物的交换来实现图鉴收集。
(纠正一下楼上的观点，X神和Y神的种族值相同，X神有专有的强化技泥土占卜，本系攻击的威力也更大，在力度上是优于Y神的)
