地图：新增了元素，照相馆，沙滩和道馆（这个在三岛上）。
支线：支线增多，比如可霓可市的百变5怪任务与究极探险队伍。
宝可梦：可抓到较日月多的种类。刚开始在御三家学习的顺序变了一些。
画面：在这个一号岛上画面的变化比较明显，二号岛屿之后的变化就少了，但整体画面的彩度变好了。在战斗画面的时候，多了光晕效果。部分招式的特效有更动。
音乐：对战音乐较日月动感许多。
游戏难度：较日月提高了些许，如到达乌拉乌拉岛(三岛)后，与哈乌的对战中，日月版中他仅使用叁只宝可梦，在终极日月中，他使用了五只宝可梦。其次在路上的路人对战难度也增加了(三岛最明显。).
剧情区别：
日月就是究极日月的缩减版
从在以太打完理事长，然后理事长和古兹马去究极之洞前基本是一样，但之后就全都不一样了。原版是没有这个调查队的，所以以太不会知道奈克洛兹玛的存在，但究极日月有究极调查队来告诉以太关于UB的信息和将要发生的事，所以这样整作战的目的就变成了对抗洛兹玛，防止世界毁灭，理事长不会去和虚吾伊德合体而是和古兹马一起去打奈克洛兹玛。
接着还是和liliai一起去四号岛屿复活一下小星云，其中避雨的剧情没了，靠你自己一个人去岛上拿笛子，之后前往祭坛，区别就是封面神兽刚复活，究极之洞就打开了然后理事长和古兹马就被轰出来了，然后奈克洛兹玛把封面神兽合体，接着还是四岛出现岛神，和岛神进行战斗，你会和究极日月的合体版封面神兽打一架，打完后奈克洛兹玛就会跑到究极调查队的世界并变成完全体在究极大都会的中心的最高层楼顶。
究极日月更像是真结局，究极日月对很多日月缺少的东西进行了补充，比如奈克洛兹玛。
