剧情区别、地图区别、支线区别、宝可梦区别、音乐区别、游戏难度区别。
宝可梦日月和究极日月名字差不多，但是内容差距还是非常大的。首先是剧情区别：究极日月主线与日月的差异大概有20%左右，大多是细节或流程更动。地图区别：究极日月比日月增加了照相馆、冲浪海滩与小道馆。支线区别：究极日月多了些小支线，宝可梦探索镜的地点多了一两个。
宝可梦区别：究极日月比日月宝可梦的种类更多。音乐区别：究极日月对战音乐较日月动感许多。游戏难度区别：究极日月较日月提高了些许。
具体区别。
日月就是究极日月的缩减版，从在以太打完理事长，然后理事长和古兹马去究极之洞前基本是一样，但之后就全都不一样了。
原版是没有这个调查队的，所以以太不会知道奈克洛兹玛的存在，但究极日月有究极调查队来告诉以太关于UB的信息和将要发生的事，所以这样整作战的目的就变成了对抗洛兹玛，防止世界毁灭，理事长不会去和虚吾伊德合体而是和古兹马一起去打奈克洛兹玛。
