宝可梦朱紫男女主区别如下：
1.形象不一样：宝可梦朱初始角色戴着蓝色帽子，身着橘色的短裤，宝可梦紫则戴着灰帽子，穿着蓝紫色的短裤。
2.游戏场景不一样：两个版本游戏场景的不同主要体现在建筑的颜色上，如同角色短裤一样，建筑的主题基调为一橙一紫。
3.NPC不一样：游戏中的NPC也不尽相同，宝可梦朱的博士是女博士，宝可梦紫的博士是男博士。
4.限定宝可梦不一样：两个版本都拥有限定的宝可梦精灵，比如幼年基拉斯和巨石丁只会出现在宝可梦朱中，而幼年宝贝龙和冰砌鹅则是宝可梦紫的专属宝可梦精灵。
5.BOSS不一样：从游戏的海报上就能看到宝可梦朱和宝可梦紫的BOSS在颜色、形体、位置上都是完全不同的，进而猜测它们的技能也有区别，或许难度也会有一定差距。
6.道馆顺序不一样：两个版本中道馆的设定顺序也不一样，这可以满足不同玩家的需求。
总体而言宝可梦朱和宝可梦紫在剧情、人物、游戏场景、NPC、限定宝可梦、BOSS、道馆顺序等方面存在明显的区别，玩家可以根据自己的喜好和需求选择不同的版本进行游戏。
