二周目
1、获得路卡利欧退化形态的蛋
其实该剧情不需要通关，只要在获得第6个徽章后就可以发生，不过既然是分支剧情，就放在这里讲了。首先去第6个道馆所在城市——绿城，从道馆往下走可以发现一艘船。和船员对话可以坐船来到一个山洞，在洞里除了一些道具外，可以遇到……TV中的波导的勇者阿伦！他的PM是路卡利欧！（这个设定真是超赞）好激动，规则和之前森林里女孩子一样，都是2VS2战斗，而且一次战斗结束可以完全恢复。比较适合练级，如果不在意的话和他一起走在最下面发现银河团，打败他们后阿伦把路卡利欧退化形态的蛋送给了我（记得队伍要留个空位），剧情到此结束。
2、收集未知图腾
在花蕊镇右边有一个山洞，这就是未知图腾遗迹！在里面可以遇到26个字母的未知图腾，全部收集完毕后，114号道路上方的洞穴出现了新的道路，左边可以捕捉2种特殊形态的未知图腾（！和？），收集后有什么特殊剧情尚未发掘，不过通过神秘文字知道可能和最强的神兽（种族720的那只）有关，当然不要为了捕捉那个最强神兽而狂抓未知图腾。这只PM的捕捉是要参加未来的某活动的。
3、三湖神的捕捉
这次三湖神十分厚道，不需要解任何谜题就可以直接遇到。它们分别在游戏中的三大湖中间的洞穴中等主角去抓，不过红色那只还没有进入战斗就跑了，接下来会在全地图上随机遇到，和火叶三圣兽一样，至于如何捕捉不用我多费口舌了吧？有点特殊的是用手表的跟踪功能中直接显示所在，不用遇到一次。（通关后去手表大叔处得到，同时得到的还有3种新功能）。
4、收集图鉴
要继续发展剧情，必须先收集图鉴，但不用抓到，只要把图鉴里的150只PM全部看到一次就可以了。如果各位在一周目和所有NPC对战过的话，你会发现还差6只PM的图鉴，其中，上面3个剧情就是其中的5只，最后一只自然是另一个版本的主题神兽。那是否需要连机呢？不必，只要来到冠凤镇上方房间里和老婆婆说话，就可以得到该神兽图鉴，好了，单机就可以完成图鉴，很照顾我们吧？接下来到博士研究所，大木博士出现把主角的图鉴升级成全国图鉴，博士又给了我神奇道具（作用是在221号道路末端遇到大木博士开启连机后可以在草地用，可以遇到部分以前的PM）。
5、新的大地，新的冒险
接下来通往战斗塔的船通航了。去金岬市下方和船员对话，就可以到达战斗塔。看到副主角后和他交谈一番，然后一个女子出现让我先去拿BP记录卡。去右上关口可以得到它。接下来去左上和一个鱼夫对话可以得到超级钓竿。看看地图还有几个地方没有去，出发吧。新的大地新的冒险在等待着我们。新的大地比较平凡，一路走下去就是。到了右上角有个山洞，先不要进入，往下进入沙尘区，通过后来到一个城镇，里面一个房子暂时不能进入，作用不明。
6、神兽以及特殊PM的捕捉
1红湖神：随机遇到，LV50
2火钢兽：进入新大陆没有进去的洞，遇到副主角，对话后往上走，有人组队，一起走，里面很大，漫漫摸索吧。出去后发生地震，离开后去左边城市PC左边房子找到刚才组队的人，对话后她离开，回到刚才的洞最深处，遇到火钢兽，LV70
3梦精灵：来到左边城市，和船前房子里床上人对话，然后坐船去一个岛，里面见到梦精灵，它会扔下一个道具逃走，之后把道具拿给床上的人，梦精灵会在地图上随机出现，LV50
4雷吉王：冰系道馆往上走，可以进入一个之前不能进去的房子，最里面见到了雷吉王，但不能战斗，原来只有得到了宝石的三神柱才能进入战斗，把三神柱传到DP，然后去捕捉吧
5电鬼：最早和NPC组队的森林，最上方见到NPC对话后，砍掉树进入房间，2F左2房间里调查电视后出现，LV15，时间特定在晚上。
6幽灵龙：中心城市下面道路右边新通道，来到一个洞窟，最里面发现幽灵龙，LV70。PS该迷宫十分BT，下面介绍一下攻略法：进入后选择下面的洞，如果发现中间楼梯是4个就转90度走（随便左右）如果楼梯是2个就顺着楼梯走。不能走回头路。其实自己乱走很容易走出。
7米卡鬼：在绿城右边放入果实名人家下面草丛NPC给的石头后，进入地下，遇到一定人数（需要连机）后调查那个地方可以出现。
8噩梦啸、草刺猬：BUG得到，可能会导致很多不明的BUG，严重影响游戏，不推荐使用。参加未来日本举行的活动得到。
9宙斯神：参加未来日本举行的活动得到。
7、和GBA通信
首先要说明一下，钻石珍珠无法和D版的中文GBA卡通信，也无法和烧录卡通信，只能和Z版GBA卡通信，所以要准备的东东如下：DS/DSL一台、Z版钻石/珍珠卡一张、Z版红宝石/蓝宝石/火红/叶绿/绿宝石卡一张。这次的通信比较特殊，是把GBA卡里的宠物单方面传送到DS卡里，而不是通信交换，GBA卡里的宠物传到DS卡里后无法回传，所以一定要考虑清楚再传。另外原作的拥有技能机器的宠物、携带信件的宠物无法传送；每张卡在24小时内只能传送6只宠物。
首先要获得全国图鉴，获得的方法详见攻略专题。然后去221号道路往下走，尽头的设施就是传送的地方了。保存然后关闭游戏，将GBA卡插入DS/DSL中，重新打开DS/DSL进入DS游戏，开始菜单中会多出一项传送，选择该项，经过确认后会进入GBA卡的宠物盒，选择6只或以下的宠物并确认后返回开始菜单，进入DS游戏买票走进设施，有趣的是玩家必须拿着那里送的宝贝球（捕捉率100%）去寻找传过来的宠物，没有全部捕捉的话是无法继续传送的哦。
8、地下世界
首先要在第二个道馆所在城市某老爷爷处取得挖掘工具，然后在任意地点使用该道具就可以进入地下世界，和一个NPC对话后他就离开了。这时候DS/DSL的指示灯开始闪烁，不过不用在意。接下来要做的就是在这个世界中乱跑吧。
用触笔点下屏，会出现一个圈圈，当有宝藏在圈圈范围内的时候就会驱雾，玩家就可以对准这个位置调查就可以进入挖宝画面，挖宝可以用的道具有榔头和锤子，榔头可以挖开的范围大，但对崩塌的影响也大；锤子反之。玩家要做的就是在崩塌前（在画面上面的裂缝到最左边了表示要崩塌了）尽可能多地挖出宝藏，只要宝藏全部露出来就算挖成功了，当该地宝藏全部被挖时也自动算结束。地面的硬度也有区别，主要是要注意当遇到灰色岩石的时候就不要敲了，敲也没用。可以挖到的宝藏有：玉石（作用是兑换道具）、化石（作用是复活古代宠物）、碎片（作用是兑换进化石）和一些道具。
用玉石可以在地下某NPC处兑换秘密基地的道具，其中最主要的一样是挖掘钻头，对着墙壁使用可以挖出一个秘密基地，不过记得它是一次性的。接下来根据喜好兑换装饰品来布置吧。
WIFI部分由于我无法测试只能暂时略过。
9、华丽大赛
华丽大赛又一次进化成了super华丽大赛，至于在哪个城市大家应该都知道了吧？主角进入后有3个柜台，左边是某一阶段的练习模式，中间是单机挑战模式，右边是连机对战模式。选择中间一个柜台，主角会换上华丽的衣服（真体贴的设计），这次的评选分3个阶段。首先是化装要在1分钟内把装饰品移到宠物身上，初期得到的装饰品效果比较差，如果要得到好成绩，需要用果实兑换或者得奖取得。初期就依靠自身美丽度拿分吧，这次不是能量方块而是面包，制作方法是在华丽大赛旁边某房间里和一个在炉子前面的大妈对话（先要取得面包盒），然后用触笔在下屏画圈圈，有兴趣的朋友可以自己摸索一下，反正我对这种损害屏幕的行为没兴趣而是从前作传专用PM来参加比赛。第二阶段是跳舞，如果是跟舞就照着动作点下面的上下左右，如果是领舞就想点让对手跟不上的动作，熟悉后很简单。第3阶段是传统的比赛，规则和前作差不多，新发现暂时没有，发现后继续补充。
