T：修帝，J：红豆杉博士，R：坂木老大/富林多/塞格博士，F：真菰博士，B：白露，
C：赤霞珠，P：等离子队，H：帅哥，K：肯尼阳，S：井守博士
A：赤楠，N：兰葛蕾，L：路克
开篇（1~2）
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!T/J/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败）
BW02.艾莉丝与牙牙!!T/J/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
草系、火系、水系道馆（3~5）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!J（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘神奇宝贝现身!!R（小智得到暖暖猪）
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R（天桐登场）
BW06.梦的遗址!食梦梦与梦梦蚀!!R/F（小智得到挑战徽章，真菰博士博士登场，艾莉丝与天桐加入）
一般系道馆（7~16）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服藤藤蛇）
BW08.火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密!!
BW09.蜈蚣王发飙!拯救牙牙!!R
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!T/R（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败） BW11.石居蟹!去夺回自己的房子吧!!R（天桐得到石居蟹）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋）
BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?J/B（白露登场，白露收服泡沫栗鼠）
BW14.七宝市!博物馆大冒险!!R
BW15.七宝道馆赛!VS道馆训练家·芦荟!!
BW16.再次挑战七宝道馆!新绝招爆发!!（小智得到基础徽章，暖暖猪学会火焰袭击，水水獭学会喷射水柱）
虫系道馆（17~25）
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并与豆豆鸽交换)
BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C（赤霞珠登场）
BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!!（皮卡丘学会电球）
BW21.天之箭桥与歌德小姐!J（豆豆鸽归队，并与虫宝包交换）
BW22.飞云市!百足蜈蚣恐慌!T/J/R（豆豆鸽进化成波波鸽）
BW23.火箭队VS等离子队!（前篇）J/R/P/H（延期）（等离子队登场）
BW24.火箭队VS等离子队!（后篇）J/R/P/H（延期）
BW25.飞云道馆赛!纯情之心的虫系神奇宝贝对战!!（小智得到甲虫徽章，虫宝包进化成宝包茧并学会能源球，小次郎得到哭哭面具）
电气系道馆（26~?）
BW26钓鱼酒侍!天桐登场!!B
BW27.可爱的脸要注意!被电飞鼠麻痹了!!B（白露再次入队，艾莉丝得到电飞鼠）
BW28.电飞鼠VS藤藤蛇!!闪电交替大混乱!!B（白露离队）
BW29.烛火鬼大宅的恐怖故事!!R
BW30.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!!（牙牙掌握龙之怒）
BW31.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!K（肯尼阳登场）
BW32.恋爱的棉花宝乘着风吧!!（小智的波波鸽归队，并将包衣茧寄放在红豆杉博士处） BW33.利格雷与不明飞行物体!!S（井守博士出场）
BW34.劲敌对战!雪花冰、木棒小子参战!!T/A（赤楠在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手）
BW35.震音蟾蜍、玛奇鱼!水边的战斗!!（小智的包衣茧归队，水水獭掌握喷射水柱，小智收服震音蟾蜍并将其与波波鸽一同寄放在红豆杉博士处，天桐收服玛奇鱼）
BW36.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!!（龙头地鼠再次服从与信任艾莉丝并学会集气弹） BW37.滚地球!发射光泽电炮!!（小智收服滚地球）
BW38.侦探酒侍天桐!差不多娃娃失踪事件!!
BW39.化石复活!古代怪鸟古翼龙!!J/F（小智的波波鸽归队，并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处）
BW40.索罗亚大电影!神奇宝贝晚夜骑士的传说!!L（路克登场，宝包茧归队，并与滚地球交换）BW41.全员集合!东之对战!!T/D/B/C/K/N/L（震音蟾蜍归队，并与宝包茧交换，赤霞珠止步16强）
BW42.热斗东之对战!藤藤蛇VS铁刃小兵!!T/D/B/K/N/L
BW43白热化东之对战!导电飞鼠VS达伽奇!!D/K/L
