TV版25、26集是GAINAX在经费严重短缺时赶制的，也引起了众多EVA迷的不满，甚至有人对庵也进行人身威胁。TV的结局说明的是真嗣接受了那个虚伪的世界，接受了人类补完计划，并且沉浸在虚幻的梦中，在伪幸福中逃避。而真正的结局是后来重做的25、26话，即《AIR》和《真心为你》。先介绍一下第三次冲击的相关内容
关于第三次冲击
人类和使徒都能引发第三次冲击。人类拥有“智慧果实”，使徒拥有“生命果实”。如果一方引发了第三次冲击，就能获得所缺少的部分，即能同时拥有“生命果实”与“智慧果实”成为神；而另一方则会消失。
可以确定的是使徒要引发第三次冲击，必须和Adom结合，于是NERV把LiLith伪装成Adam关在最终教条区。
而人类方面Seele的原计划是亚当回归LiLith，LiLith+隆基奴斯抢+薰。用隆基奴斯枪化为生命之树后融入LiLith的身体，让薰与LiLith结合。补完时需要有一个“自我意识”来主导补完，Seele就想让薰的“自我意识”主导补完。因为Seele骗薰最终教条关的是Adam，所以很放心地让薰去引发第三次冲击（因为没有成功其实也不要紧，Seele派薰去NERV的主要目的是干掉碇源堂）。可是薰在识破了骗局后，竟平静地选择死亡。
要说碇源堂实在太厉害，Seele的老人们也奈何不了他。他首先在第十五使徒鸟天使来袭时，故意在二号机出战被打得毫无抵抗之力时不派出初号机救援。以此为借口把隆基奴斯枪投了出去。没有隆基奴斯枪，就无法直接使用Lilith的身体，迫使Seele改变计划，使用初号机召回隆基奴斯枪进行补完。另外他还很阴险地瞒着Seele抽出LiLith的灵魂放入丽中。没有灵魂的LiLith是无法进行补完的。所以在薰进入最终教条时，他一点也不担心。因为没有他释放出LILITH之魂，无论是以使徒的方式还是用Seele的计划都不会造成第三次冲击。
碇源堂自己的计划应该是：让LiLith的灵魂进入他的身体，和他右手上Adam的胚胎结合。而隆基奴斯枪的丢失迫使Seele使用初号机补完，这样子，碇源堂和有着碇唯灵魂的初号机都会进入LiLith体里。碇源堂便能见到唯了。不但如此整个补完的过程还将由碇源堂的“自我意识”主导，将世界变成碇源堂希望的样子。碇源堂的这个计划可谓一举两得，既能满足他长久以来感情上的愿望；又满足了他的野心，让他成为主宰人类命运的神！见剧场版中：最终教条区，互相面对着的源堂与丽。源堂：“亚当，已与我同在。”源堂：“要和唯再度相逢，只有靠亚当和莉莉丝被禁止的融合了。除此之外别无他法。”丽的左腕脱落，掉了下来。源堂：“没有时间了，A∙T力场已经无法保持你的形体了。”源堂：“开始了，丽。将A∙T力场，也就是你心中的防壁解放开来吧！”源堂：“心中欠缺的补完。舍弃无用的躯体，将所有的灵魂合而为一，成为原为的唯吧！”……
源堂：“那件事好像已经开始的样子。来吧！丽，带我到唯那里吧！”……从这些对话，可看出碇源堂想让丽“解放A∙T力场”，“舍弃躯壳”（一旦失去A∙T力场，便无法维持自己的物质形态，肉体将化为LCL释放出灵魂），把灵魂交给他，让Adam与LiLith结合，带他去唯（初号机）那里。
可是最终补完既没有按Seele想的进行，也没有按碇源堂想的进行。碇源堂背叛了Seele，绫波丽也背叛了碇源堂。绫波丽听见了真嗣的喊叫时，突然改变了意愿，选择了真嗣，背叛源堂。丽没有把LiLith之魂交给碇源堂，相反吸收了碇源堂右手上Adam的胚胎，并自己去与LiLith的肉体结合了。见剧场版（这段对话的原文前面已摘录，这里不再重复）。于是补完由绫波丽的“自我意识”主导着进行了，而绫波丽听从破真嗣的意愿。所以真正的补完是按照“神之子”（此时，初号机拥有唯之魂，即“智慧果实”；又拥有了绫波丽S2机关，即“生命果实”，相当于神。真嗣即“神之子”）的意愿进行的。见剧场版：冬月：“使徒持有的生命果实与人类持有的智慧果实，将这两者都拿到手的EVA的初号机可说已经等同于神的存在了。而今生命也将回归，汇集成大河流向生命之树。之后的初号机将会是把人类从第三次冲击的虚无拯救出来的方舟呢？还是成为灭亡人类的恶魔呢？……未来已经交付在碇家儿子的手中了啊……
冲击过程解析：
整个补充计划的过程可谓一波三折，它表现了碇真嗣心理变化的过程。首先碇真嗣认为大家都不在乎他，他喜欢的人出卖了他的感觉，感到大家很讨厌，但也讨厌自己的软弱、无能。这种矛盾、复杂的心情很快变成了对一切的仇视，于是真嗣怀着对心中“其他人”的恨，想让“大家都去死吧。”这时，人类补完计划便开始了，人类都开始一个个化为LCL。这时的真嗣错误地把“与他的相处不好”全部归为是他人的过错。于是又错误地认为自己恨他人，恨这世界的一切。这实际是他对自己心灵上无法解决的矛盾的逃避。
下面详细分析这个过程：
在补完过程刚开始时，丽询问真嗣的愿望。真嗣先是回忆着过去与他人相处所产生的痛苦，然后真嗣表现了对他人的愤恨。因为他认为他人对自己一点也不理解、漠不关心，认为大家不喜欢自己，渴望得到肯定又难以得到。这也说明了他过分在意存在于他人内心的真嗣。
唯：“现在的丽可以说是由你自己产生的，也就是你的愿望。”丽：“你希望什么？”水滴声。聚光灯。缓缓摇荡的秋千。真嗣：“没错……与大提琴声开始的时候是一样的。我来了这里……好像想起了某些事……”园童A：“真嗣也有做得不错的时候耶！”园童B：“加油把它完成喔！城堡。”幼年的真嗣：“嗯”两个路灯下在真嗣旁有两个人身。秋千更加快速地摇荡。园童A：“啊，妈妈来了！”园童B：“要回家了！拜拜！”幼年的真嗣于是停止了乌鸦的叫声。舞台上巨大的鼓。快要哭出来的小真嗣。聚光灯照着一座像NERV总部，已经完成的沙堡，和看着沙堡的真嗣。真嗣：“嘿，嘿，（用力踩着沙堡）”秋千慢慢停住看着已经毁坏的城堡哭泣出声的真嗣。两个照明灯照在小真嗣的背上。
这一段心理活动表现了真嗣认为在他人心中的自己的无能，以及好不容易得的肯定很快又消失（暗指十六话中，得到了美里的赞扬后，不久便因自己鲁莽行事被十二使徒所吞噬。还有十八话中，刚得到父亲的赞扬，父子关系转好时，十三使徒出现，碇源堂使东治受伤，父子关系又恶化了）还表明真嗣认为他人使自己产生好感后，会很快背叛他的感情（暗指二十四话中薰对他的感情的背叛）。
明日香：“明明什么都不了解，不要来我这里。”真嗣：“我了解。”明日香：“你才不了解呢！……白痴！（她踹了真嗣一脚）你那么想了解我吗？”明日香：“这样就以为可以救我？……这可真是傲慢的想法啊。你不会了解的。”真嗣：“……我是不了解。明日香什么都不说。明明什么都不说，我想要了解也不可能啊！”丽：“碇君有想了解过吗？”真嗣：“有想了解过。”明日香：“白~~痴！我知道你从来不把我当一回事。就像你以前一直在做的事给我看嘛！我会在这里好好看着的！”明日香：“反正你又不能完全变成我的东西，我……什么都不要！”
这一段表现了碇真嗣心中认为的他人对自己的误会。他把这种误会看作是他人对自己的不理解，而没有想到是自己的原因造成了误会（暗指明日香误认为真嗣在战斗和测试中良好的表现是故意对她的伤害。其实明日香非常喜欢碇真嗣，只是因为上面这个误会以及误会真嗣与丽的关系，所以认为真嗣“不能完全变为她的”，而无法接受真嗣）。但是真嗣给予明日香唯一的一次安慰还在班长的催促下去的（第九话）。
真嗣：“所以请温柔地对待我啊！”美里、明日香、丽：“已经对你很温柔了啊！”真嗣：“骗人，你们只是用笑容敷衍我而已！只是想用暧昧的样子把我搁在一旁而已。”丽：“因为实情会把大家都伤害，这可是非常、非常难受的。”真嗣：“暧昧的东西……明明只会把我逼得无路可走而已……”丽：“这也是暂时敷衍而已。”真嗣：“这样下去太可怕了，也许我不知道什么时候又突然在不这里了，吵死了，我冷静不下来，跟我说话吧！和我在一起吧！理一理我吧！”
这一段表现了真嗣认为：大家都没有用真实的一面来对待他。可是人与人不可能完全理解的，你看到的某个人永远只能是那个人的一部分。但真嗣不明白这一点，反而认为大家在敷衍他，并认为这就是造成他孤独的原因（被逼得无路可走），一切都是他人不想让他了解才造的。
真嗣：“明日香救我啊……喂，非你不可啊！”明日香：“你胡说！”怒视着真嗣的明日香。真嗣被明日香逼得往后退。明日香：“你……，谁都可以吧？不是因为美里和丽她们和你的父母亲都好可怕，所以才只能逃到我这里吗？”真嗣：“救我啊！”明日香：“你以为这样子就是让自己不受伤害的最轻松的方法”真嗣：“救救我啊！”明日香：“其实你根本不可能喜欢别人嘛”真嗣忽然挺有胸上前。咖啡炉被打翻在地上咖啡从里面流出来。咖啡蒸气冉冉升起。明日香：“你以为这里只有你自己而已，而且你对这个自己也没有喜欢的感觉。”明日香：“真悲哀啊！”明日香俯视倒在地上的真嗣。真嗣：“救我……。喂……谁来救我……拜托救我……救我呵……救我……救救我吧”突然回到桌旁的真嗣，真嗣：“不要让我孤单！”椅了翻倒了，真嗣：“别抛弃我！别杀我！”椅子撞向了床。真嗣：“救救我？”明日香：“不要！”真嗣：“不救我就去死吧！”真嗣冲上去，用手勒住明日香的脖子，开始掐着她。
这一段中的明日香并不代表明日香一个人，而代表了真嗣心中的“其他人”。表现了真嗣认为自己向他人寻求庇护时总是被拒绝，还引得一阵斥责或是嘲讽。于是他由“怕”转为“恨”，想要杀死这些心中的“其它的人”（也就是灭绝人类）。
真嗣：“谁都不会了解的……”丽：“你什么也都不了解。”真嗣：“我认为这世界应该没有任何讨厌的事，也不会有任何动荡不安。”丽：“你认为他人也一定和自己是一样的吧。”真嗣：“出卖了啊！出卖了我的感情啊！……”丽：“一开始就是你自己搞错了，明明就是自以为是而已。”真嗣：“大家都不要我了……。所以大家都给我去死吧！”丽：“那么你这做法是为了什么而存在的呢？”真嗣：“不管我在不在，对谁都一样，都没差。所以大家给我去死吧！”丽：“那么你这心理是为了什么而存在呢？”真嗣：“不如不存在比较好。所以我也去死吧！”丽：“那么你为什么在这里？”真嗣：“即使在这里，也不可以吗？”
这一段表明碇真嗣经过前面一系列的心理活动后确定了自己的意愿：即“大家去死吧”，“我也去死吧”。而此时的丽也确认真嗣的愿望，于是补完正式开始，大家开始化为LCL。这时真嗣与丽的对话指明了真嗣心中所认为的他人的不理解以及对自己感情的出卖只是真嗣自己的自以为是造成的。
青叶：“莉莉丝身上发的反A∙T力场更加扩大，已达物质化程度。莉莉丝体内游动的无数个丽，应该就是她身内的反A∙T力场。而此时反A∙T力场扩大并物质化了。于是人们看见“丽”们飞到了他们的身边。A∙T力场与反A∙T力场接触会立刻湮灭（就像物质与反物质接触一样），所以人们一与“丽”们接触，便会失去自己的A∙T力场，无法维持具体形态而化为LCL。而看见了最想见的人，暗示人类“心之壁”的解放。
感觉好吗？真嗣：“不知道，我很不了解现实。”丽：“你无法正确把握他人和自己的真实间的差距吧。“真嗣：“我不知道哪里有幸福”。丽：“除了在梦中，否则幸福是找不到的。”真嗣：“所以这不是现实，这是谁都不在的世界。”丽：“是的，梦。”真嗣：“所以我也不在这里。”丽：“你是在这虚构中很方便报复这个现实对吧！”真嗣：“不行吗？”丽：“你在敷衍这个现实，而逃避到虚构去，对吧！”真嗣：“我连一个人做梦都不行吗？”丽：“这不是梦，只是对现实挫折的补偿罢了”。
这一段对话是对前面真嗣心理活动的总结。前面的画面都是真嗣的“梦”。它是真嗣设想的，不真实的。所以是一个“谁也不其中”的世界。真嗣逃避现实，于是在这个虚构的“梦”中决定报复。这都表明了真嗣分不清现实与梦境，因为在现实中受到伤害便认为是虚伪的；在梦境中报复而得到补偿便认为是真实的。接着丽便帮他区分了现实与梦境：
真嗣：“那么我的梦在哪里？”丽：“那就是，现实的延续。”真嗣：“那么我的现实又在哪里？”丽：“那就是，梦的终结。”于是真嗣回到了现实，眼前是LCL之海，他认清了现实后猛然发现现实与梦境巨大差别，他认识到自己并不想让梦境中的结果（大家都去死吧）在现实中发生。丽：“……这就是，你所希望的世界对吧？”真嗣：“……可是，这不是。我想不是”。于是真嗣逐渐认清“梦”的虚假，渴望现实。真嗣：“在那里……我知道只有讨厌的事而已，所以即使一定要逃避也可以。但是即使逃来这里也不好。因为……我，不在……也就等于大家都不在。”这时，真嗣才重新认识了自己。他明白了自己以前在现实中总想着不愉快的事，从来没有主动去寻找幸福。而且一旦受到伤害，就总是逃避，于是逃到了梦里。现在的样子虽然不会再受伤（大家都融为一体，个体消失了，再没有所谓的“其他人”，也不会有误解、伤害了），但在这里，作为“我”自己的个体概念没了，作为“我”独立的思想、性格都消失了，也就等于大家都消失了。虽然灵魂永生了，但已成了一个新的整体，原来的“我”和“大家”都死了！这是真嗣不愿看到的，于是他决心回到原来的世界，不管付出怎样的代价：丽：“如果实现你现在这一次期待他人能够存在的话，心之了防壁会再度把所有的人分开。到时你又要开始对别人产生恐惧了吧！”真嗣：“没关系的……”薰：“即使再用A∙T力场，继续伤害你或别人也可以吗？”，真嗣：“没关系……”。补完于是失败了，大家的LCL没能汇入生命之树，LILITH解体了。
一切即将结束，虽然真嗣选择回到原来的世界，但有些事情已经发生了，便无法再还原了。让化主LCL的人们变回原来的样子是不可能的。“梦“中的事情已发生在现实中，无可挽回了。薰：“现实在你不知道的地方存在着，梦也是在现实之中……”
丽：“而真实就存在你的心中。”薰：“因为人的心，会把自身的形造出来。”丽：“而新的概念能把人的心和形都改变。这要概念能将创造的力量、自己的未来、甚至时间的流向……给制造出来”。这是在告诉真嗣要面对现实，旧的世界已被毁灭，唯一能做的只有创造新的世界（新的概念）。可同时也告诉真嗣要靠自己的力量，重建人类社会：薰：“只是如果人们不靠自己自身的意志行动的话什么都不会改变。”丽：“所以遗失的自己，要靠自己的力量找回来，即使自己的言语没了……，即使要要采用别人的言语……”丽：“只要能用自己的心将自身的概念作出来，谁都可以回复人形。”丽的话的意思便是只要心中有自身作为“个体”的思想，谁都可以回复到人形。这句话暗指可能不只真嗣一个人能回复人形，即后来明日香也活了下来就是这个原因。
在真嗣脱离LCL之海之前，唯与碇真嗣的对话，可以看作唯对真嗣的最后嘱托：唯：“不要担心，所有的生命都有复原的力量，都有想要活下去的心。只要想着要活下去的话，到哪里都是天堂。因为还活着嘛！到哪里都会有幸福的机会的。”唯“只要太阳、月亮和地球都还在……，就没关系”。这段话既是对真嗣的安慰，告诉他就算世界已变成这样只要要有想活下去的心，就一定能复原；又是对真嗣的激励，告诉真嗣他所肩负的重大责任：“重建人类社会”。同时这段话可以让我们了解唯的内心世界。碇唯她一直坚信着一个观点：“只要活下去……”是的，活下去，一切都有可能，不管生活在如何恶劣的环境中，都有寻找幸福的机会，都是天堂！
说完了这些唯认为该嘱咐的都告诉真嗣了，于是，真嗣回复了人形，脱离了LCL之海：唯：“已经可以了吗？”真嗣：“……我还是不知道哪里有幸福。只不过对于为何被生下来而存在于此的意义今后会继续多加思索；而且对一些被视为理所当然的东西也会多加去感觉。这是自己为了靠自己活下来而做的……”唯轻抚真嗣的面颊。真嗣和唯互相离去……真嗣从LCL之海浮至水上。
