1佐助成了火影，不再背叛木叶，和小樱结婚了，鸣人和雏田结婚了，鹿丸和手鞠结婚了。鸣人接着成了下一代火影，佐助加入暗部。纲手成了老太婆，
被一个神秘人物杀了，鸣人最后杀了他，成了全世界最强。
2晓之章”3年后，因为自来也的失误漩涡鸣人被“晓”带走，就在九尾封印就要揭开的时候。3代火影留下的遗物之一------当年之一人之力消灭了企图背叛木叶的宇智波一族的在“晓”的木叶卧底宇智波鼬带回了鸣人。
鼬的回归无疑增强了木叶的战力。纲手姬决定让缺乏战斗经验的鸣人跟随鼬执行“麻烦”的任务。另一方面为了阻止大蛇丸的计划。木叶决定抢先出击，彻底消灭大蛇丸集团。当然作为自来也内应的药师兜发挥了关键的作用。
这次包括自来也，宇智波鼬和旗木卡卡西等木叶强力上忍的行动获得了成功。大蛇丸被消灭了，打败大蛇丸的是自来也，但是最后杀死大蛇丸是看起来最忠于他的药师兜，但是忽略了“晓”的可能的反击的木叶也付出了沉重的代价。自来也阿凯，鼬和卡卡西等人在与“晓”的混战中死亡！不过遭到沉重打击的“晓”暂时也撤退了。哥哥的死亡和小樱的鲜血（重伤）使得佐助最终被鸣人所感化，作为新的战力返回了木叶。
这次战斗是得不尝失的战斗。纲手姬唯一值得高兴的就是木叶新一代忍者的成长。可以遇见他们将是化解未来危机的关键。在中生代忍者中唯一的补充是药师兜，但是失去鼬众多有经验忍者对木叶来说是无法弥补的损失！
接下来的几年是和平时期，新生代忍者中的佼佼者鸣人，佐助和鹿丸已经成为了新一代的上忍。初次带领自己部下宇智波佐助像当年卡卡西那样教导小忍们团队合作。所不同的是COPY忍者佐助常说的话是：“哥哥，卡卡西老师。我现在也是有部下的上忍了。他们都是继承了火的意志的人，在他们身上我看到了木叶的未来。你们看到这样的我会说什么呢？说什么呢？”。当然佐助和小樱就和当年的阿斯玛和红一样，是木叶绯闻的焦点。鸣人则和药师学长一起，长期在各国追踪“晓”的余党同时出版了新的亲热系列，和他们一起行动的还有变强后的日向雏田，等他们完成调查任务后雏田也成了某个孩子的母亲。
木叶丸终于也从忍术学校毕业了，教导他的正是油女志乃。鼬的遗腹子正式进入了忍校，佐助以鼬为榜样鼓励他-----只有保护最宝贵的人才能获得力量，并承认自己永远都不可能超越鼬。为了巩固和沙忍的同盟，纲手姬决定撮合鹿丸和手鞠的政治婚姻。同时在木叶势力的支持下23岁的我爱罗正式成为了“风影”。
最后的时刻终于来到了，歼灭“晓”的战斗开始。在风之国和火之国的合力作战中，5国最大的恐怖组织终于完结了。战斗是有代价的，5代火影走完了她的人生之路。在弥留之际纲手姬见到了绳树，断，猿飞老师，自来也，大蛇丸。她最后说了一声：“大家，我来了。。。。。。。。。。。”，热血李，宁次，志乃，佐助，勘九郎和丁次也在战斗中殉职。佐助临死前告诉鸣人：自己救他不是为了逞强，也不是为了报恩。而是自己太明白孩子失去亲人的痛苦了！春野樱受不了佐助的死爆走，离开了木叶。。。。。。。。村之间存在了太多的利益关系晓先利用计谋分化四大忍村掀起了第四次忍界大战，形成砂隐和木叶联盟对抗雾隐和雷隐联盟，晓又计画释放了守鹤（我爱罗体内）、矶怃（干柿鬼鲛体内）、猫又（由死神祭坛直接召唤出来）3只尾兽的力量打算趁战争尾声四大忍村力竭之时将其全部毁灭，建立新秩序。
战争中期自来也和纲手看到晓背后阴谋，准备直接捣毁晓基地，鸣人和樱发现行踪，秘密跟随，自来也和纲手在途中遇到为了自己野心而想破坏晓的大蛇丸和佐助，木叶3忍暂时联手对抗晓，但是由于晓得到尾兽力量，三忍竭力终不敌，关键时刻鸣人释放九尾之力救出三忍，但其已奄奄一息。
因为事关重大，只有鸣人他们知道了晓的阴谋真相，因此纲手临死将火影传给鸣人，并要求他将晓以及尾兽消灭，保护忍者世界。自来也也告诉鸣人惊天秘密，其实鸣人就是四代火影，当初为了封印九尾在自己身体里而使用禁术让自己变成了婴儿，村里除了三代和四代师傅自来也，谁也不知道（大蛇丸已经叛逃、纲手不在村中），自来也要鸣人回村拿出封印之书，学会原来四代的所有忍术。封印之书只有四代本人可以打开（这也可以解释为什么第一集上鸣人为什么很轻易就可以拿到那么重要的封印之书并打开学习影分身了）并且记载了如何封印尾兽的究级封印术。
鸣人成为六代，（也是唯一由下忍直接成为火影的唯一一人），佐助为了杀鼬，暂时决定和鸣人一起回村。
纲手不在的时候，木叶由卡凯西等一班上忍组成了临时领导会指挥作战（鹿丸成为唯一入选的中忍）。
面对雷隐的攻击，日向宁次为了替父亲报仇，率领日向家族成员进行殊死对抗，已经成为了日向家实际的领导人，雏田也全力协助表兄使日向家族宗、分两家不分彼此，空前团结。其他和鸣人一批的忍者在战争中也都有独当一面的能力。
另一方面晓积极活动，通过各种方法渐渐收集到除九尾外的另五只尾兽。
鸣人的回归给木叶上下带来巨大震动，由于年纪尚轻又让叛逃的佐助重新回村让很多人不满，鸣人的火影身份遭到质疑。一方面为了说服大家，另一方面为了留住佐助，鸣人陷入痛苦的境地。关键时刻曾经一批的同学站出来对鸣人表现出坚定的信任，给了鸣人巨大的支持。佐助看到了大家相互间的信任，对自己原来的目的和立场产生了动摇。
鸣人将晓的阴谋告诉领导会，但战争已经处于白热化，无法停止。而此时五代风影我爱罗派手鞠来到木叶打算联合起来和雷、雾二村进行决战，局势陷入前所未有的紧张局面。
为了停止战争，鸣人、樱说服佐助在战场上同时召唤出三大通灵兽控制住战局，向大家说明了晓的阴谋，正当大家明白事情真相的时候，晓一干人出现在战场，打算一举消灭四大隐村。
以得到8只尾兽的晓只等尾兽力量觉醒，他们利用强大力量使四大隐村的忍者伤亡惨重，鸣人，我爱罗和樱等人苦苦支撑，而看见鼬的佐助复仇之心燃烧，独自追赶上前，鼬将佐助引到晓秘密基地，用言语激发佐助，佐助异常气愤，两人开出万华镜写轮眼经过生死决战，鼬终于败北，临死前，鼬终于透露真相，将宇智波家族真正秘密和自己叛逃真相告诉弟弟：要杀自己最亲之人方能开眼的并非万华镜而是万华镜之上的终极写轮眼--血之写轮眼，当年叛逃是因为鼬在一次任务中，发现晓组织的存在，晓欲杀之灭口，鼬凭自己能力顽强逃走，从此被晓盯上，晓用大蛇丸以毁灭木叶为威胁要求鼬加入，鼬深知晓实力可怕，同意加入，但晓为了让其表示忠心，并要求晓成员资料需绝对保密，要求鼬杀其全族以防写轮眼家族日后事变，对晓产生威胁。鼬将真相告之父母，为了大局，宇智波一族全无反抗被鼬清光，事后鼬以年纪尚幼不足为患为由说服晓放佐助一命。鼬将如何破坏晓的尾兽交谈方法告诉佐助，佐助听后泪留满面，两人兄弟情深之后，鼬亡。
重新回到战场的佐助与鸣人等一起用尽全力终将晓全部击败，四大忍村也在联合对抗晓后，体味和平的珍贵，从此相互友好
