1、点击触摸屏上的精灵球后就可以选择主角了。同以往一样我们依然可以选择男生或者女生作为自己操纵的主角，而未被选择的一方将成为主角的对手。
2、故事开始在フタバタウン[双叶镇]，刚开始的时候主角在看电视。之后下楼跟妈妈对话，得知对手在等自己，出门。镇子左上角是对手的家，在门口处碰到对手，进去后在二楼见到对手，但他又跑掉了。出门后去村子上方的R-201，对手就在那里。对话后前往左边的シンジこ[神事湖]。刚来到神事湖，就碰到了博士和副主角，对话后那两人离开了，却留下了一个箱子。此时2只野生PM突然冲了出来，主角打开箱子，三选一。
3、对手会选择属性克制主角所选PM的精灵。回到镇子碰到博士，但博士没有要回PM就先回研究所了。回到家里和妈妈对话，得到跑步鞋，以后在移动时可以按住B键跑步前进了，这次在室内也可以跑步。
4、现在前往マサゴタウン[真砂镇]找博士。刚进到镇子就见到了副主角，并被副主角带到研究所前。进去跟博士对话，正式获得刚才选择的PM，并且得到精灵图鉴。走出研究所后，副主角会跟主角介绍镇内的设施。回到家里跟妈妈对话，得到ぼうけんノート[冒险笔记]。此时对手的妈妈冲了进来，并请主角将包裹おとどけもの送给对手。
5、在真砂镇的上方是R-202，副主角会给主角演示如何抓野生PM，这时我们可以发现他/她选择了属性被主角克制的PM。演示完毕后他/她会给主角5个精灵球。之后顺路来到コトブキシティ[长寿市]。一进城就碰到了副主角，之后去市内的学校，碰到对手。将东西交给他后，得到タウンマップ[地图]。学校右上角有两位可挑战的训练师，使用Lv.6的凯西，打败左边的训练师后可以得到TM10めざめるパワー[觉醒之力]。城市右边通往R-203出口旁的建筑中可以拿到せんせいのツメ[先制之爪]。
6、在R-203的洞里会遇到一个男子，他会给主角HM06いわくだき[碎岩]，但是主角现在没有徽章，不能使用HM打破岩石。继续往右走出山洞，来到クロガネシティ[黑金市]。来到黑金市的GYM[训练馆]，碰到对手，得知馆主并不在此。从城市下方进入矿场，在深处找到馆主，然后馆主会回到训练馆，这之后就可以向他挑战了。打败馆主后得到徽章和TM76ステルスロック，HM06碎岩也可以使用了。
7、黑金市某个房间里的女子想用凯西来交换腕力，有兴趣的话可以到R-207去抓一只腕力来交换。回到精灵中心，发现PC的地下一楼开启，进去后，服务员小姐会给主角ともだちてちょう，此道具涉及到网络通信。
