结局
人类作为18使徒最后对第3东京市发动总攻击，人类的目的是要让亚当和LILITH结合发动第3次冲击，使所有生命体失去AT立场而同化，一切还原成世界伊始的模样，当然抱有这个愿望的只有SEELE的老人们，老碇的也是想发动第3次冲击，但他的目的是一方面要和碇唯灵魂结合，一方面成为新世界的神。但人算不如天算，LILITH选择了老碇的儿子真治。
真治是所有废柴男的始祖，嘴上说着不能逃避，实际上一直在逃避。LILITH和他灵魂接触，零波玲一再确认真治的愿望是什么，结果这只死鸭子嘴硬的说这个世界不容纳自己，干脆把这个世界毁灭好了，顺便把自己毁灭掉。于是LILITH发动第3次冲击，瞬间人类死光。
然后在海岸真治又发现人死光的世界并不是自己想要的世界，并对次感到恐惧，又希望一切还原，这个时候碇唯的灵魂为完成儿子的愿望展开AT立场脱离LILITH的结合，使LILITH死亡，人类补完计划彻底失败。最后真治和明日香躺在沙滩上，真治掐明日香是要确认她有没死亡（官方解释）。
明日香给了他一个触摸，最后说了句“真恶心”而不是“笨蛋”，也就是说明日香成为了真治希望的人，能够理解宽容的对待自己。最后人类没有死光，在补完计划中失去AT立场变成LCL的人都能回来，碇唯说过：只要有想活下去的心，一切生物都能还原其本来的形态。
作品评价
该片被认为是与《高达》、《Macross》齐名之作。并与《少女革命》、《机动战舰》并称为20世纪90年代三大御宅族作品。对于Fans们来说它不但留下了无数的迷题待解，也成就了一个似乎永远也补不完的骗钱神话。
《新世纪福音战士》最开始是典型的机器人动画，故事注重描写战斗场景和人物对话。随着情节推移，故事逐渐变成对人物内心世界的精神分析式的叙述，尤在结局数话更将此特点发挥到淋漓尽致。
该片中革命性的强烈意识流手法，大量宗教、哲学意象的运用，使得它在日本掀起被称为“社会现象”程度的巨大回响与冲击，并成为日本动画史上的一座里程碑。许多动漫欣赏者常视其为日本历史中最伟大的动画之一。
