岩石系道馆（1~16）
AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）
AG02.古代神奇宝贝与神秘军团！T
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG05.蛇纹熊与短裤少年!小遥的第一场战斗！
AG06.火箭队！疯狂乱抓，再见了!（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队，小次郎得到沙漠奈亚）
AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
AG08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）
AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？
AG10.史上最强的大嘴鸥?!
AG11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘
AG12.莲叶童子与花店三姊妹（小刚获得莲叶童子）
AG13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！
AG14.双打比赛，捕捉刺尾虫（小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
AG15.用功神奇宝贝训练家培育学园！
AG16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！（皮卡丘学会铁尾，小智得到岩石徽章）
格斗系道馆（17~31）
AG17.得文制造有限公司！水舰队之影！T
AG18.哈奇老人与长翅鸥小皮！
AG19.逃离巨牙鲨之岛！
AG20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场
AG21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只?
AG22.大吾！可可多拉和波士可多拉
AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）
AG25.秘密之池！好多水跃鱼（小刚收服水跃鱼）
AG26.长鼻叶族的袭击
AG27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！T
AG28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！（小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）
AG29.勾魂眼的惊奇
AG30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中!
AG31.再战武斗道馆！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章）
电气系道馆（32~40）
AG32.废弃之船！悄悄靠近的影子
AG33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！S
AG34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱!
AG35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！S
AG36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！T
AG37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐
AG38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔!
AG39.唱歌！神奇宝贝戏法屋！
AG40.紫堇道馆！铁旋的电击战斗！（小智得到电力徽章）
火炎系道馆（41~56）
AG41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子机枪（小智的木守宫学会种子机关枪）
AG42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈!
AG43.飞吧宝贝龙！迎向明天！
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）X
AG45.海市蜃楼的那边波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）X
AG46.战斗家庭！4比4！
AG47.向尾喵和芳香治疗（小遥收服向尾喵）
AG48.猫鼬斩VS饭匙蛇！劲敌对决
AG49.小胜VS胜人！守护溜溜糖球！
AG50.神奇宝贝华丽大赛秋叶大会！S
AG51.VS恰雷姆，华丽对战（小遥得到缎带）S
AG52.正电拍拍和负电拍拍，应援之道
AG53.向尾喵和协助呆火驼牧场
AG54.再次遇见火岩队&水舰队！烟突山作战！T
AG55.新人道馆训练家亚莎满地坑洞的战斗场地
AG56.热血徽章！在燃烧的战斗中得到它！（小智得到烈焰徽章）
一般系道馆（57~70）
AG57.好多晃晃斑！找寻山另外一边的幸福
AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇（小智收服煤炭龟）
AG59.紫堇道馆再度VS雷电兽！
AG60.向尾喵与优雅猫！传说中的协调训练家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪）
AG61.戴面具的协调训练家，假面使者登场！！S
AG62.绿茵镇神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）S
AG63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）
AG64.青绵鸟的天空！小遥的心！
AG65.溶食兽击退大作战！
AG66.一触即发！爆音怪VS森林蜥蜴（小智木守宫进化成森林蜥蜴）
AG67.跳舞战斗！乐天河童！
AG68.爸爸是偶像！？冒牌的道馆训练家！
AG69.橙华道馆的危机！家庭危机！
AG70.橙华道馆战！第五个徽章！（小智得到天秤徽章）
飞行系道馆（71~85）
AG71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！
AG72.双人合作赛，小智对抗小遥！？
AG73.禁忌森林的国王妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子）
AG74.妙蛙种子和妙蛙种子！夺回宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队）
AG75.对决！巨大鲶鱼王和钓鱼高手
AG76.天秤偶和雾中的遗迹！
AG77.强敌！？妈妈级协调训练家登场！S
AG78.神奇宝贝华丽大赛长寿大会！S
AG79.跳跳猪在找的东西！？
AG80.首度挑战！空中竞技神奇圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕）
AG81.怨影娃娃的大宅！
AG82.森林格斗王！？力壮鸡VS斗笠菇（小遥的火稚鸡进化成力壮鸡）
AG83.天气研究所的漂浮泡泡！T
AG84.茵郁市的羽翼嘉年华会！（小次郎得到风铃铃）
AG85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章）
超能力系道馆（86~100）
AG86.喷火驼载着电影来！
AG87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！？
AG88.香蕉懒人翁园的卡比兽！
AG89.皮卡丘加入火箭队！？
AG90.抵达水静市！能量方块和回转攻！
AG91.神奇宝贝华丽大赛水静大会！（小遥得到缎带）
AG92.那三只登场，裁判学校之岛！
AG93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！
AG94.古空棘鱼与深海的秘宝！
AG95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！
AG96.肌肉对战！？双打比赛！
AG97.固拉多VS盖欧卡！（前篇）T
AG98.固拉多VS盖欧卡！（后篇）T
AG99.枫和南！宇宙中心的战斗！
AG100.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章）
水系道馆（101~111）
AG101.大海男儿！四天王源治登场！
AG102.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！（小遥的妙蛙种子学会花之舞）
AG103.伊札贝岛神奇宝贝华丽大赛！小心劲敌！？（哈利登场，小遥得到缎带）H
AG104.封印巨大念力土偶！
AG105.大嘴娃谈恋爱！莲帽小童的花之路!（小刚的莲帽小童进化成乐天河童）
AG106.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖!
AG107.阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾难之影!
AG108.抓住雪童子！(小智收服雪童子)
AG109.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！
AG110.琉璃道馆！水的艺术家·亚当！（前篇）
AG111.琉璃道馆！水的艺术家·亚当！（后篇）（小智得到雨滴徽章）
华丽大型庆典&彩幽大会（112~132）
AG112.直冲熊！友情的形式!?
AG113.梦幻岛的小果然S
AG114.滚动吧！恋爱的顿甲
AG115.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（前篇）
AG116.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛暮水大会（后篇）（小遥得到缎带）
AG117.用小遥美食收服小卡比兽！？（小遥得到小卡比兽）
AG118.劲敌登场！政宗和铁哑铃
AG119.怪盗班纳伊与缎带奖杯
AG120.小智与小遥，在丰缘大陆的激烈战斗
AG121.开幕！大型庆典（1）！S/H
AG122.热斗！大型庆典（2）！S/H
AG123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）S/H
AG124.来野外求生吧！
AG125.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵!?
AG126.预赛开始！政宗登场！
AG127.开幕！彩幽大会！
AG128.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！
AG129然后…不能输的战斗依然持续！
AG130劲敌对决！VS政宗
AG131.最后的激战！通往优胜之路（小智止步彩幽大会前8强）
AG132.亚希达先生与对战开拓区!?（小霞片尾归队，小遥离队并狩猎凤蝶和向尾猫寄放在家，小刚离队并乐天河童放在家，小胜片头离队，片尾归队）X
对战工厂（133~136）
AG133.大木研究所！全员大集合！（小遥归队并得到杰尼龟，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木研究所，小遥把妙蛙种子寄放在大木研究所，小智的小小象归队，小刚片尾归队）X
AG134.月见山！皮宝宝与皮皮与皮可西！（小霞离队）X
AG135.初阵！对战工厂！（前篇）（小智的喷火龙归队并学会过热）
AG136.初阵！对战工厂！（后篇）（喷火龙离队，小智得到知识象征）
对战竞技场（137~149）
AG137.大岩蛇的王国！
AG138.胖丁的歌，爸爸的歌！
AG139.劲敌对决！收服风速狗！S
AG140.可达鸭的忧郁！
AG141.狃拉与吸盘魔偶！哪一家餐厅！？S
AG142.进化！它的神秘与奇迹！
AG143.神奇宝贝华丽大赛金黄大会！（前篇）H
AG144.神奇宝贝华丽大赛金黄大会！（后篇）（小遥得到缎带）H
AG145.格斗道场！小智VS小遥
AG146.超能力系VS幽灵系！深夜中的决斗！？
AG147.魔尼尼登场！休息之馆！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼）
AG148.水跃鱼与绵绵！恋爱的特效药！？（小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼）
AG149.对战竞技场！格斗对决！（卡比兽归队本集结束后离队，小智获得毅力象征）
对战巨蛋（150~153）
AG150.抚养家老板与神奇宝贝蛋！（小遥得到蛋，皮卡丘学会伏特攻击）
AG151.对手是上班族？！（小遥得到缎带）
AG152.哈克龙之湖!
AG153.对战巨蛋！火焰与水的融合（小智得到战术象征）
对战水管（154~158）
AG154.震撼！吃惊！电击怪（小智的小小象进化成顿甲）
AG155.神奇宝贝保育家登场！拯救雪拉比作战
AG156.爱哭树与忍者学校（小刚收服爱哭树）
AG157.穿越时空的小遥（小遥的蛋孵化成伊布）
AG158.对战水管大热斗！对抗水管皇后小蓟！（小智得到运气象征）
对战宫殿（159~164）
AG159.优胜将落入谁的手中？定向越野竞赛
AG160.小卡比兽的出道赛！与哈利一决胜负！H
AG161.森林蜥蜴VS热带龙！草原的决斗！（小智的森林蜥蜴进化成蜥蜴王，蜥蜴王暂时用不了绝招）
AG162.神奇宝贝华丽大赛让叶大会！（力壮鸡学会百万吨飞腿，小遥得到缎带）S
AG163.蜥蜴王！复活的黎明！（蜥蜴王可以用绝招了）
AG164.激战！在对战宫殿的丛林对抗赛！（小智的赫拉克罗斯本集归队后离队，小智得到精神象征，蜥蜴王学会阳光烈焰）
对战塔（165~170）
AG165.爱哭树国王与魔尼尼皇后？！
AG166.摩天大楼的红色闪电
AG167.决胜战，小遥VS小刚！（小遥得到缎带）S
AG168.迷唇娃与迷唇姐三姐妹
AG169.对战塔大君，莉拉登场（小智的肯泰罗归队）
AG170.对战塔，心传心的战斗（小智得到才能象征，小智的肯泰罗离队）
华丽大型庆典&对战金字塔（171~190）
AG171.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机（前篇）
AG172.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机（后篇）
【说明：一些地方把第171集和第172集（播出时为一小时特别篇）算为一集，但是根据神奇宝贝半小时左右一集的划分，这里算作两集。若在171集之后没有在网络上找到相对应的集数，请尝试在下表所列集数序号上减一再搜索】
AG173.胡说树！黄金传说
AG174.哈利&火箭队！反派角色同盟成立？S/H
AG175.小遥VS武藏！最后的华丽大赛（小遥得到缎带）S/H
AG176.火箭队解散？！各自的道路S/H
AG177.小刚与小智！用双打对战保护尼比道馆（小刚的大岩蛇已进化成大钢蛇）
AG178.对战金字塔！对抗雷吉洛克
AG179.惊异！巨大请假王之山
AG180.开幕！神奇宝贝华丽大赛华丽大型庆典！S/H
AG181.小遥VS哈利!用双打比赛登上舞台！S/H
AG182.小遥VS小瞬!最后的战斗!（小智收服长尾怪手，小遥的力壮鸡学会过热，小遥止步石英华丽大型庆典前4强）S/H
AG183.长尾怪手与国王！
AG184.聒噪鸟与神奇宝贝相声
AG185.袭击！落单的玛狃拉！
AG186.再度挑战金字塔！VS雷吉斯奇鲁！（煤炭龟归队本集结束后离队，煤炭龟学会热风）
AG187.小遥VS小瞬！永远的劲敌！（小遥的狩猎凤蝶已学会幻象术，向尾喵归队）S/H
AG188.神奇宝贝中心忙得不可开交！
AG189.最初的神奇宝贝！最后的战斗！（小智的妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙归队，喷火龙学会钢翼）
AG190.决战！对抗雷吉艾斯！（妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙离队，小智得到勇气象征并成为对战开拓区制霸）
尾声（191~192）
AG191.小智对抗小遥！最后的战斗（小遥的力壮鸡进化成火焰鸡）
AG192.旅程的终点，以及旅程的开始！（小遥、小智共同获得缎带。小遥、小胜、小刚离队，小智的除皮卡丘和长尾怪手以外的神奇宝贝都放在大木研究所）
