究极绿宝石5.4二周目剧情流程为：
1、 【游戏开始】选择男/女主角，玩家的对手将是跟玩家性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入丰缘地区。玩家会出现在未白镇的一辆小货车里。下车后看到了老妈，到达新家。妈妈让玩家上楼去调整时钟。调好后从旁边的电脑里取出伤药，之后下楼。
2、 到达卡那兹市，进入卡那兹市训练馆。PC中心隔壁的房子可以获得HM01一字斩，接下来就要去挑战道馆了。馆主：杜鹃岩属性【如果是火主推荐练到16级再打，用2连踢】走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。从106道路出发到达卡绿隧道。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的长翅鸥被水舰队的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和长翅鸥，击败他后会得到一个超级球，把长翅鸥还给老头后就可以回卡那兹市了。
