[神木林]
李逍遥梦见林月如后醒来，发现在圣姑家（三人被剑圣救起）。圣姑告知李逍遥赵灵儿怀孕并受伤了，需要李逍遥找需要凤凰蛋壳、麒麟角做药材医治，但林月如已经无法救治。李逍遥在林月如遗体前大哭。圣姑送走了剑圣，李逍遥也出发先到神木林找凤凰蛋壳。千辛万苦找到凤凰并把它赶跑并得到风灵珠，却被阿奴偷走了凤凰蛋。李逍遥追阿奴，不振被掉到树下。阿奴用卖魂术救醒了李逍遥，阿奴知道李逍遥的目的后答应凤凰蛋孵出小凤凰后才把凤凰蛋壳给李逍遥，但要李逍遥协助她到树洞偷木道人收藏的宝物。进入树洞中来到宝物收藏地却没有找到水灵珠，只好拿了其他宝物后离开。[可选剧情：欲进入桃花源，发现很大雾无法通过，于是使用风灵珠吹散大雾，在桃花源找到桃源村，遇见阿桃等人并得知村长被木道人抓去了，于是启程找木道人。途中遇见宋公子，在他指引下找到木道人并消灭了他，救出了村长。村长成全了宋公子和阿桃姑娘的这一对，并为了感谢主角两，赠送了寿葫芦，之后村民全部变回桃树，主角们也离开桃花源]回到圣姑家，得知阿奴是圣姑徒弟。之后两人起程去大理城。从圣姑家出来的东北面的树洞进去，上山后走过木桥就来到了大理。
[大理]
到达大理此时大理正泛旱灾。[可选剧情：麒麟洞门口的一户人家，一男子向主角兜售仙剑，并要求主角用身上全部的钱购买。但购买后男子马上开溜，两主角才发现上当受骗了。]阿奴和李逍遥试图进入麒麟洞，可惜被两个守卫拒绝。于是阿奴又到大理的东北边找到娘亲（族长）[可选剧情：遇见一可以村民，发现他为黑苗族间谍，并将他消灭]，又因为他们开会而赶了阿奴出来。但从会场下来发现一看守麒麟洞的守卫抓到一黑苗士兵，准备前去报告。阿奴灵机一动，带李逍遥再次来到麒麟洞，命令剩下的守卫去找走开的守卫，于是骗走了守卫，进入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，并与之战斗。火麒麟最终化做人型，了解主角来的目的后送出了自己的麒麟角，并告诉两人到女娲神殿一趟。两人按麒麟老人意思来到女娲神殿，李逍遥在跪拜女娲象时，忽然发现女娲象很象赵灵儿，于是走上石象前，还被吸了进去。李逍遥随后见了赵灵儿娘亲巫后，巫后要李逍遥回去十年前做一件他应该做的事。
于是李逍遥回到十年前黑苗族地方，遇见了十年前的赵灵儿和她的姥姥正被黑苗人围困。李逍遥上前杀退了敌人，使赵灵儿和姥姥顺利乘凤凰离开。李逍遥为了掩饰身份，换上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船来到南绍此时南绍正泛洪水。李逍遥来到南绍宫殿，发现拜月教主准备号召各黑苗士兵消灭巫后以消水患。李逍遥进入宫殿，从殿内右上角入口进入底下监狱，找到巫后，并劝服了巫后逃生。巫后拜托李逍遥帮她找她的天蛇杖。于是李逍遥上回地面，从宫殿的左上角入口进入地下，把巫后告诉李逍遥的暗号传达给看守入口的石长老，于是石长老让你进去取天蛇杖。李逍遥拿到天蛇杖回到监狱并交给了巫后，两人正要离开，拜月教主和巫王带领士兵来到阻挠。拜月教主使用法术逼巫后变成蛇形，李逍遥正想阻挠敌人，被巫后拉着一同跳入水中。不料拜月教主在水底养了水魔兽，并且在水中会有不灭之身。两人只好一直逃走，最后走投无路。巫后使用风咒把李逍遥送上水面，自己和水魔兽同归于尽。
李逍遥回到地面，却又遇见追赶而来的拜月教主。正巧石长老也来到，拜月教主命令石长老对付李逍遥，但却被李逍遥击败。石长老不甘失败，准备使用绝招赤血毒焰，此时凤凰飞来，抓伤了石长老的左眼并带走了李逍遥。（新仙剑奇侠传中才有这节）
凤凰把李逍遥带到了曾经出现在李逍遥梦中的罗刹洞。李逍遥通过了洞内迷宫并找到罗刹鬼婆将她真正消灭。此时林月如忽然出现，并和李逍遥开战，使李逍遥很困惑。幸好书中仙出来提醒李逍遥这是幻觉与现实的较量，必须相信自己的判断。于是李逍遥克服了心魔，消灭了冒牌的林月如。此时凤凰再次出现，把李逍遥带到了十年前余杭的山神庙。（新仙剑奇侠传中才有这节）
李逍遥看见了十年前的自己并告诉他山神庙内有一受伤女子（赵灵儿的姥姥）请求帮忙。李逍遥进去庙内，女子请求李逍遥拿着凤纹手绢找灵月公主前来帮忙。李逍遥来到余杭码头，向一商船船主出示凤纹手绢，商人还原为灵月公主，回去帮助山神庙内的女子。灵月公主和赵灵儿姥姥等人正准备告别李逍遥，李逍遥上前询问如何结束一场梦，得知只要完成要做的事情就能回到现实。灵月公主离去，此时李逍遥的婶婶前来寻找小李逍遥。李逍遥回到山神庙附近，遇见正在帮婶婶寻找小李逍遥的香兰，随后李逍遥从山神庙往下走来到自己过去最喜欢去的地方，并发现一个盒子内装有水灵珠，此时小李逍遥忽然出现，并收起了盒子。李逍遥提出用木剑交换盒子内的水灵珠，小李逍遥同意，于是李逍遥得到了水灵珠。但还是没有回到现实。来到码头遇见以为正急于聘请船工的商人，李逍遥闲着没事做，于是上船帮忙，随船来到苏州。在苏州城门口忽然发现十年前的林天南和林月如，此时四周朦胧，李逍遥回到了现实。
李逍遥回到大理的女娲神店，此时凤凰蛋已经孵出了凤凰，得到了凤凰蛋壳。李逍遥和阿奴回到圣姑家，不久李逍遥和赵灵儿的女儿李忆如出世。圣姑拜托李逍遥从屋后去试炼洞帮忙寻找36个傀儡蛊。李逍遥独自出发，却在路上遇见了正在训练毒兽的盖罗娇。盖罗娇以为李逍遥前来偷看机密，于是和李逍遥交战起来。此时阿奴赶到，并向盖罗娇解析清楚，两人才解除误会。阿奴和李逍遥进入试炼洞[可选剧情：试炼洞内遇到一太小的洞，主角无法进入，于是阿奴放出自己饲养食蛊鸟进入洞中食蛊。食蛊鸟出洞后会产下很多蛊卵][可选剧情：试炼洞底下每层都有一座女娲遗迹，每座遗迹中可以找到呼唤神仙的咒文，一共有五个地点，可以学到五种咒文]，收集足够傀儡蛊后回到圣姑家交给圣姑。不久赵灵儿康复，加入主角队伍，开始起程到大理的女娲神殿。来到大理发现黑苗人前来偷袭，一路杀敌，主角们来到女娲神殿。
赵灵儿跪拜娘亲的石象，女娲象显灵，并把圣灵珠、圣灵披风和天蛇杖传授给赵灵儿。三人下一层阶梯，由神殿东北面走去来到祭雨坛。赵灵儿把圣灵珠安放在坛边的石碑上，坛的四周立即出现四个台座。把水、土、风、雷、火灵珠摆放在台座上（不用管顺序，只要在物品里使用这五颗灵珠，珠子就会自动就位。注意摆放前一定要卸下装备的灵珠，否则珠子不会在物品中出现），五灵珠显灵，赵灵儿念起了祈雨咒文，随即大雨降临，大理干旱大地回复生机，黑苗人以为女娲显灵，统统慌忙逃跑。
白苗人民马上召开庆祝大典，不料黑苗派来的地魔兽从地面冒出，三为主角前去消灭之，决定继续前进彻底消灭拜月教。从地魔兽出现的洞口进去，来到白苗神殿往南绍城地下迷宫。
