小说叙云南大理国武林世家镇南王之子段誉，为逃避习武，来至无量山中，因种种机遇，学得一身古怪奇妙的武功，并先后结识少女钟灵、木婉清，互相悦慕，岂料此二人是父亲段正淳四处留情的私生女。四大恶人之首段延庆本该是大理国王位的真正继承人，因宫中内乱流落江湖。为报复保定帝，他捉到段誉和木婉清，欲使之兄妹乱伦，破坏段家清誉。大理国君臣斗智斗勇，终于战胜四大恶人，救出段誉。
吐番国大轮明法王鸠摩智为抢大理国天龙寺武功绝学六脉神剑图谱，与天龙寺众高僧比武。段誉适逢其会，为救伯父保定帝，以深厚的内力为基础，一人使出六脉神剑，大败鸠摩智，后被鸠摩智用计擒住，带至姑苏武林世家、以“以彼之道，还施彼身”著名的慕容氏家中。在苏州他遇见苦恋表哥慕容复的王语嫣，对她见钟情，紧追不舍；后又在无锡松鹤楼与丐帮帮主，有中原武林“北乔峰”之誉的乔峰结为异性兄弟。
乔峰来姑苏本是找慕容复了解丐帮副帮主马大元被自己成名绝技所杀一事，谁知帮内突然发生大乱，他被指证为契丹人。为解开自己的身世之谜，他北上少室山，找自己的养父乔三槐和恩师玄苦，可二人已被害身亡，目击之人皆认为是乔峰出手。他悲愤异常百口莫辩，为救少女阿朱之命，大战聚贤庄，与天下英雄为敌，后见杀戮大多，想自刎以求解脱，却被一神秘的武林高手救走。在雁门关他为自己的身世所苦恼、自卑，因见宋兵屠杀契丹百姓，如醍醐灌顶，立即顿悟，不再以契丹人自耻。为寻找仇人他和阿朱往返千里，苦苦求索，途中情意互生，彼此爱恋，后又被马大元之妻所骗，以致失手打死假扮父亲段正淳的阿朱，悔恨终生。并答应阿朱照料她的妹妹阿紫。
阿紫是星宿老怪丁春秋的徒弟，满身邪气，不以他人之是非为是非。乔峰带她至东北，从金人手中救出辽国皇帝耶律洪基，结为兄弟，帮助消除叛乱，被封为南院大王。逍遥派掌门人无崖子为寻找一个色艺双全、聪明伶俐的徒弟，设下珍珑棋局，为少林寺虚字辈弟子虚竹误撞解开。相貌不佳为人愚直的小和尚成为逍遥派的掌门人后，又被灵鹫宫主天山童姥带至西夏皇宫中，尽得逍遥派真传。天山童姥与西夏王妃李秋水同归于尽后，虚竹成为灵鹫宫主人，并与跟随王语嫣而来的段誉结为兄弟。为向方丈忏悔自己的罪行，虚竹回到少林寺，适逢天下各路英雄齐至少林寺，有丐帮、星宿派、姑苏慕容、鸠摩智、大理段氏、四大恶人等等。
原来阿紫在乔峰处耐不住寂寞，跑出游玩，被其师丁春秋毒瞎眼睛，幸亏已学得少林寺武学秘籍“易筋经”的聚贤庄公子游坦之对她热恋不已，并将她带至丐帮。游坦之受丐帮内奸全冠清利用，以武功夺得帮主之职，并向少林寺挑战，欲争夺武林盟主之位。乔峰为寻阿紫，也率燕云十八骑赶来，受到群雄围击。段誉、虚竹挺身而出，帮助大哥共同御敌。一场龙争虎斗，乔峰用降龙十八掌打倒游坦之，虚竹以生死符大败丁春秋，段誉将六脉神剑发挥得淋漓尽致，大胜慕容复。慕容复失尽颜面，举剑自刎，被一突然出现的灰衣老僧制止，并教训他身为大燕子孙，不可轻生，灰衣老憎正要与乔峰比武，又赶来一黑衣僧人，也就是当年救乔峰之人，他们是诈死的慕容博和大难不死的萧远山。
原来三十年前，慕容博为使中原武林与契丹结怨，假传消息，说契丹武士要往少林寺抢夺武功图谱，众武林豪杰在少林寺玄慈方丈的带领下前往雁门关伏击，杀死无辜的契丹武林高手萧远山的儿子和手下之人，萧远山奋力反抗，后见爱妻身亡，伤心跳崖，将周岁的儿子扔在昏迷的丐帮帮主汪剑通身旁，这个孩子就是乔峰——应该叫萧峰。萧远山跳崖后并没有死，隐姓埋名，潜入少林寺偷学武功。慕容博假传消息后，诈言身死，也不时去少林寺偷阅武林秘籍。玄慈杀死萧远山妻子侍从后，意识到自己被人欺骗，便和汪剑通一同托人照料萧峰。如今真相大白，萧峰苦苦追寻的凶手正是自己的父亲；而更叫人难以预料的是虚竹是玄慈与无恶不作叶二娘所生之子，玄慈受少林寺规之罚后自尽，叶二娘殉情，萧远山、慕容博被少林寺藏经阁一神秘老僧点化，皈依佛门。
此时西夏国张榜招婿，中人相继赶来。慕容复为应招拒绝王语嫣的爱情；段誉救起伤心自杀的王语嫣，终于获得她的芳心；鸠摩智贪练少林武功，走火入魔，幸被段誉吸去全身功力，保住性命，大彻大悟，成为一代高憎；陪同段誉而来的虚竹是唯一能够回答西夏公主问题的人，原来公主是当初天山童姥偷来为虚竹破戒的梦姑，二人终于结为连理。
段誉回大理的途中，误入王语嫣的母亲、段正淳的另一个情人设计捉拿段正淳的庄园之中；段延庆擒住段正淳和他的夫人、情人们，也赶来这里，以杀死段誉要胁段正淳以皇位相让。正在危急时分，王妃刀白凤告诉段延庆，段誉是当年她为报复段正淳感情不专一面与叫化子段延庆所生之子。段延庆闻此激动不已，一时不察，被慕容复下毒，内力全失。慕容复丧心病狂，欲拜段延庆为义父，竟杀死自己的部下和段正淳的四位情人，其中包括自己的舅妈王夫人，又举剑向刀白凤走去。段誉见母亲危急，挣脱绳索，打跑慕容复。段正淳、刀白凤自杀殉情；段延庆飘然远逝；段誉回大理继承皇位。
这一年辽国发兵进攻宋朝，萧峰不愿生灵涂炭，中毒被囚。已换上游坦之眼睛的阿紫逃出辽国，传信中原，天下豪杰闻风而来，救出萧峰，并捉住辽国皇帝耶律洪基，逼他答应有生之年不向宋朝发兵。两军阵前萧峰胁迫皇帝、愧对族人，自杀身亡；阿紫抱着心爱之人的尸体，挖出眼珠还给游坦之，跳下万丈悬崖；游坦之也高呼“阿紫”的名字，紧跟跳下；慕容复一心想做皇帝，最后发了疯。故事到此结束。
