小火龙在一岛的火焰山，妙蛙种子在沙湖乐园所在市的东面的草丛里，杰尼龟在达西市游戏厅旁边那个学生蛋的那条湖里。
在游戏中玩家可以和《宝可梦钻石·珍珠》中登场的宝可梦们一起冒险。并且本作忠实重现了当时的故事，多彩多姿的各种玩法也会在NintendoSwitch平台复苏。
另一方面本作不仅融入了当今《宝可梦》系列简单易懂且容易上手的特色，玩家还可以体验极具临场感的宝可梦对战。
《宝可梦水晶版》的游戏舞台被设定在关都地区和西边的城都地区。关都地区源自日本的关东地方。城都地区的设计则来源于日本的关西地方和东海地方，这两地的许多寺庙和传统日本建筑都在城都地区有所体现。
满金市类似于大阪，其磁悬浮列车直达关都地区的金黄市，这与新干线连通大阪和东京相似。另外缘朱市与京都市类似，缘朱市内的烧焦塔和铃铛塔与鹿苑寺和慈照寺相似，鹿苑寺标志性的凤凰雕塑是凤王的原型。
