曹操之所以要杀害华佗，是因为曹操对华佗的医术并不了解，他误以为华佗想要借治病的时机来杀掉自己。
根据陪《裴松之注引三国志》的记载我们可以得知，曹操在晚年的时候曾经遇到了神医华佗。那个时候的华佗因为治愈了关羽的疾病而名声大噪，王先生在头风病发作以后，就让手下将华佗请了过去，想让他为自己治疗头疾。可是华佗提出的治疗方案却让曹操大吃一惊，华佗提出如果想要彻底治愈疾病的话，就要用斧头将曹操的头盖骨打开，然后将脑子里面的风涎取出来，再用针线将曹操的头盖骨缝合上去就可以了。
虽然华佗的治疗方案对于现代人来说非常的正常，但是古代的医疗技术条件非常落后，曹操根本就没有听说过这样先进的治疗方法，所以他听完华佗的话以后勃然大怒，认为对方是想要借这个机会来害自己。曹操立即质问华佗是不是关羽的同党，是不是想要为关羽报仇。华佗听了以后知道自己得罪了曹操，所以赶紧下跪求饶，但是曹操却不依不饶的将华佗关到了大狱里面。
其实曹操刚刚将华佗投到大狱里面的时候并没有打算将他杀掉，因为那个时候的曹操正被疾病缠绕，非常的心烦，没有时间去处理华佗。可是华佗知道曹操的本性比较多疑，明白自己大限将至，所以将自己毕生所学传给了一名狱吏。华佗在进入大牢不久，就被曹操下令砍头了，一代名医就这样失去了宝贵的生命，而曹操也因为这件事情备受后世人的诟病。假如曹操没有杀掉华佗的话，也许华佗就可以利用剩余的时间来书写一本医学巨著，这样的话对后世的人是非常有利的。
