两条一号线及南延线和二号线。
一号线16个站：奥体中心站、博览中心•元通站、明基医院•中胜路站，小行站、时光澔韵•安德门站、中华门站、工商银行•三山街站、张府园站、德基广场•新街口站、珠江路站、农业银行•鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站，红山动物园站、高力家具港•迈皋桥站；
一号南延线有15站：天隆寺站、软件大道站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、1912•百家湖站、台湾广场•小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、江苏海院•南京交院站、中国药科大学站；
一号线及南延线在安德门分叉：南延线开往天隆寺方向，一号线开往小行方向。
二号线有19站：油坊桥站、雨润大街站、博览中心•元通站、奥体东站、永隆家居•兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、省中医院•上海路站、德基广场•新街口站、宝庆银楼•大行宫站、军区总院•西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站
三号线目前正在建设中，具体路线不太清楚。
