第一部：
2.在宠物小精灵中心的决斗（小霞加入）
3.终于捉到宠物小精灵了（收服绿毛虫→铁甲蛹，收服比比鸟）
10.猜不到有意外收获（小智收服妙蛙种子）
11.失去主人的小火龙（小智收服小火龙）
12.杰尼龟军团登场（小智收服杰尼龟）
13.正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
23.在小精灵塔收服幽灵（小智收服鬼斯通）
25.火爆猴，别生气哦!（小智收服火暴猴）
30.小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
35.迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
54.按快门的机会是皮卡丘（阿彻加入）
56.抚养家的秘密（阿彻离队）
84.南国小精灵与GS球（小刚离队）
85.拯救乘龙（小智收服乘龙，小建加入）
95.大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
116.真新镇，我回来了（小刚加入，小建离队）
120.赫拉克罗斯对抗大甲（收服赫拉克罗斯）
127.好胜的菊草叶（小智收服菊草叶）
142.收服火球鼠（收服火球鼠）
152.小锯鳄是谁的？小智对抗小霞.（小智收服小锯鳄，
155.抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
162.捕虫大会在自然公园收服他！（小智收服大针蜂，大针蜂送奈奈）
231.蛋要孵化了（小智的蛋孵化出小小象）
258.乘龙之歌（与乘龙重逢)(得到蛋）
259.保护神秘蛋，在暴风天中诞生新生命（蛋孵成由基拉）
274.再见了，接下来的旅途（小刚，小霞离队，除皮卡丘以外所有的精灵全部留在大木研究所）
第二部：
AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）X
AG45.海市蜃楼的那边波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）X
AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇（小智收服煤炭龟）
AG132.亚希达先生与对战开拓区!?（小霞片尾归队，小遥离队并狩猎凤蝶和向尾猫寄放在家，小刚离队并乐天河童放在家，小胜片头离队，片尾归队）
AG133.大木研究所！全员大集合！（小遥归队并得到杰尼龟，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木研究所，小遥把妙蛙种子寄放在大木研究所，小智的小小象归队，小刚片尾归队）
第三部：
DP01.出发从双叶镇到真砂镇（小光登场并得到圆企鹅，看到艾姆利多）
DP02.寻找皮卡丘！202号道路！（小次郎得到尖牙笼，小智收服姆克儿，小刚归队）
DP03.对战劲敌三对三!（小光加入，真司登场）
DP04.波加曼对战含羞苞小光的初次对战！（尚志登场）
DP05.收服草苗龟！（小智收服草苗龟）
DP26.神奇宝贝华丽大赛苑之大会!（健悟登场，
DP52.双打对战！最终对决!!（小智得到小火焰猴）
DP55.长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！！（小光的泳气鼬和小智的长尾怪手交换）
DP64.天蝎王与天蝎!冲出风之迷宫!（小智收服天蝎
DP76.七星级七星饭店!靠双打对战吃到全餐!!（小遥归队）
DP79.决战！小光对小遥!!W（小光得到缎带，小遥离队）
DP157.收服到圆陆鲨了!!（小智收服到圆陆鲨）
第四部：
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!T/J/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士登场，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败）
BW02.艾莉丝与牙牙!!T/J/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!J（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘的神奇宝贝现身!!R/D（东·乔治登场，小智得到暖暖猪
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R/D（天桐登场）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服藤藤蛇）
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!T/R/D（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋）
BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?J/B（白露登场
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并将豆豆鸽寄放到红豆杉博士处)
BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C（赤霞珠登场）
BW28.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!S（甘尼洋登场）
BW31.劲敌对战!迷你冰、搬运小匠参战!!T/A（阿戴克在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手）
BW32.蓝蟾蜍、泥巴鱼!水边的战斗!!T（水水獭掌握喷射水柱，小智收服蓝蟾蜍并连同波波鸽一起寄放到红豆杉博士处，天桐收服泥巴鱼）
BW33.龙之破坏者登场!艾莉丝与龙头地鼠!!G（蓝葛雷登场，
BW34.石丸子!发射光泽电炮吧!!（小智收服石丸子）
BW38.索罗亚电影!神奇宝贝骑士传说!!L（路克登场）
BW45.奥贝姆与双卵细胞球与梦贼!!IE（阿登与阿降登场）
