孤岛危机1：装备了可以使使用者获得超人般的战斗能力的纳米服的主角所在的一队美国特种部队被派往太平洋的一个小岛上执行营救被朝鲜军队劫持的考古学家队伍，意外发现岛上存在着技术先进且对地球人持有敌意的大批外星人军队，人类与外星人在小岛一番鏖战后人类与外星人军两败俱伤，以主角一行人继续清除外星人残余结束。（资料片孤岛危机：弹头解释了游戏时间中一名队友的同时经历）
孤岛危机2：1代3年后前作特种部队队长等人发现纽约出现了能使人类感染绝症、意图侵略纽约市的外星人变体，在身患此症的最后时刻拯救并将自己的纳米服给予了一个海军陆战队员，最后由这个海军陆战队员成功消灭纽约市的所有外星人，并在获得地球上其他外星人的驻扎点的信息后前往全球各地消灭外星人
孤岛危机3：2代24年后原纳米服的开发公司利用纽约市被剿灭的外星人留下的残余建立起了以此获得能量的工业并成为了事实上的军事政府，2代中主角回到发生巨变的纽约”复仇“
大概如此
