空之轨迹FC(theFirstChapter)
从少女『艾丝蒂尔』与认养的弟弟『约修亚』立志像父亲一样成为一名守卫家园的『游击士』，由于父亲所乘坐的定期船失踪一事使他们决定离开家乡寻找真相，从此两位少年的足迹遍从『洛连特』开始，延伸向『利贝尔王国』的其他四大城市，途中他们不仅帮助平民处理小事，还协助政府和军队调查劫机事件，并顺藤摸瓜地发现了暗中匍匐的王国军『情报部政变事件』。在设法阻止『情报部政变事件』的同时认识了许多同龄的朋友以及社会各界人士，从大家的口中两位少年逐渐了解到其父亲是一位伟大的游击士并且在10年前服役于军队时期果断地指挥军队反击『百日战役』中侵略军，被授予『S级游击士』，甚至敌军称赞为『稀世的战略家』。两位少年联合众人之力成功阻止了政变的进行，此时现身的父亲却带来了一个极坏的消息：在『情报部政变』事件的背后，存在着一个名为『噬身之蛇』的组织在暗中指示。与此同时『约修亚』(实际上为该组织的一员)被『噬身之蛇』的使徒之一『白面怀斯曼』告知自己在从领养至今的这五年中，由于被控制而在无意识中不断向『噬身之蛇』透露着王国的动向。『约修亚』封闭已久的灰色记忆也再次暴露，为了不再给心爱的家人与朋友带来危险，在吻别『艾丝蒂尔』后，他决心孤身一人挑战『噬身之蛇』。
空之轨迹SC(theSecondChapter)
故事发生在前作的2个月之后，『艾丝蒂尔』渐渐从『约修亚』离去的阴影中恢复过来，而『噬身之蛇』也从幕后走到了台前，在『利贝尔王国』五大城市内进行着威胁性与破坏性的实验。一时间『利贝尔王国』天灾迭起人祸丛生。『艾丝蒂尔』与众友一起安抚各地恐慌的人民，调查各地事件的始末并时刻关注着『约修亚』的行踪。在『噬身之蛇』的基地内『艾丝蒂尔』与『约修亚』重逢，并相约彼此再也不分离。此时此刻故事进入了高潮，『噬身之蛇』发动了古代遗物，王国天空上方出现巨大浮游都市，而地面的『导力能源』则完全停止，『利贝尔王国』陷入一片黑暗、混沌与寒冷之中；『噬身之蛇』乘虚而入，闯入『王都格兰赛尔』劫持女王陛下，幸好被洗心革面的情报部部长『理查德上校』及众人所救；王国边境传来消息，『百日战争』时期的侵略国军队又兵临城下，企图在此混乱之际入侵处于悲痛与伤痕之中的『利贝尔王国』。为了解决一切问题，『艾丝蒂尔』等人决定乘坐『埃尔塞尤』飞艇前往未知的『赛姆利亚古文明』遗址——浮游都市《利贝尔?方舟》。最终众人联手将『白面怀斯曼』打败，整个事件就随着浮游都市一起轰然崩塌而尘埃落定。
空之轨迹3rd(theThird)
可以说是一部“FanDisc”，是专门面向前两作玩家的番外篇。故事继半年后，『凯文』神父由『雷克鲁斯方石』而进入了异世界『影之国』，并与修女『莉斯』及前作中的其他14名好友一起展开收集式与回忆式的冒险。在回忆之门『星之门』与『月之门』中不仅对前作中人物的关系、去向做了更为全面地交代，也为后作『英雄传说Ⅶ』的剧情设下了伏笔。所以可以说《空之轨迹3rd》是一个过渡作品
