《名侦探柯南》1000集后柯南黑衣组织集数是如下：
1、《名侦探柯南》第783集——《绯色的真相》
2、《名侦探柯南》第782集——《绯色的回归》
3、《名侦探柯南》第781集——《绯色的交错》
4、《名侦探柯南》第780集——《绯色的追寻》
5、《名侦探柯南》第779集——《绯色的序章》
6、《名侦探柯南》第706集——《解谜的波本》
7、《名侦探柯南》第705集——《密室中的柯南》
8、《名侦探柯南》第704集——《漆黑的特快列车》
9、《名侦探柯南》第699集——《逼近灰原秘密的黑影》
10、《名侦探柯南》第671集——《侦探们的夜想曲》
11、《名侦探柯南》第667集——《婚礼前夜》
12、《名侦探柯南》第500集——《红与黑的碰撞遗言》
13、《名侦探柯南》第499集——《红与黑的碰撞伪装》
14、《名侦探柯南》第462集——《黑衣组织的影子年幼的目击者》
15、《名侦探柯南》第340集——《厕所里隐藏的秘密》
16、《名侦探柯南》第309集——《与黑衣组织的接触》
