1、玩家的初始形象是不同的，宝可梦朱初始角色戴着蓝色帽子，身着橘色的短裤，宝可梦紫则戴着灰帽子，穿着蓝紫色的短裤。
2、游戏场景不一样，两个版本游戏场景的不同主要体现在建筑的颜色上，如同角色短裤一样，建筑的主题基调为一橙一紫。
3、NPC不一样，博士是游戏中非常重要的NPC，两个版本中博士NPC的形象也不尽相同，宝可梦朱是女博士，宝可梦紫则是男博士。
4、限定宝可梦，两个版本都拥有限定的宝可梦精灵，比如幼年基拉斯和巨石丁只会出现在宝可梦朱中，而幼年宝贝龙和冰砌鹅则是宝可梦紫的专属宝可梦精灵。当然朱和紫是可以进行联网通信交换宠物的，版本限定可以相互交换。
5、神兽不一样，从游戏的海报上就能看到宝可梦朱和宝可梦紫的BOSS在颜色、形体都是完全不同的，进而猜测它们的技能也有区别，或许难度也会有一定差距。
6、道馆顺序不一样，游戏当玩家的道馆顺序在不一致的。总之以上就是朱和紫两个版本的区别了，两个版本其实内部内容是差不多的，玩家可以根据国内两个版本的售价来选择，哪个便宜选哪个，限定宠物可以联网交换的。
