早期生涯杰斐逊是父母的第三个孩子，1743年4月13日出生于弗吉尼亚古克兰特县的夏德维尔农场。父系祖先是来自威尔士的移民。杰斐逊的父亲叫彼得·杰斐逊，是个殷实的烟草种植园主。他勤劳强健思维清晰敏捷，通过自学和生活的磨炼，具有较高的文化素养和社交能力，在当地颇有名气和威望，曾任地方民兵指挥官和弗吉尼亚议会议员。他是早期弗吉尼亚种植园主的典型。杰斐逊的母亲叫简·伦道夫，家庭背景烜赫，其先祖据说可以追溯至苏格兰国王大卫一世。母亲的家世虽然使这个家庭在上流社会占有一席之地，但杰斐逊却并不以此为豪，他从未在公开场合提及过这一家庭背景。
彼得·杰斐逊没上过几天学，但对子女的教育问题却颇为重视，在孩子们很小的时候就为他们请了家庭教师，不仅教他们学习文化知识，还经常带他们到大自然中去，培养他们向社会学习的兴趣，向他们灌输严谨求实、奋发向上的精神。杰斐逊在少年时代就显示出了语言天赋，读了很多古典名著。他热爱大自然，熟悉边疆的生活，了解拓荒者创业的艰辛，对印第安人和黑人也表现出了深深的同情和关注。
杰斐逊十四岁时父亲去世，留下了一大笔遗产：近八千英亩土地和一百余名奴隶。根据父亲的遗嘱，杰斐逊成年后将成为这笔产业的主要继承人。父亲在遗嘱中还特别叮嘱杰斐逊要接受最好的教育父亲的这个遗言是让杰斐逊终生受益的最宝贵的遗产。
