联机对战规则大体分为有MOD和无MOD两种，很多新人玩家抱怨的规则过多，就是在无MOD的情况下。而现在主流的魔女MOD，基本上把大部分的平衡问题都解决了。原因很简单因为文明6是优先针对PVE开发的，PVE 的玩法可以有很多种，但PVP得玩法就只有征服一条。极少的情况可以打出宗教胜利，这就注定很多适合战争的文明以及元素就更具优势。
在有MOD的情况下，是不能占领城邦的，下城后必须摧毁。因为占领城邦的收益过高，尤其是德国，但城邦的分布又是不均匀的。第二点是不可以交易城市，通过交易城市，牺牲部分玩家的体验，让单个队友迅速壮大，这样的操作显然也是不允许的。卡秒也是一个禁止使用的技巧，通过在回合结束时，操作作战单位，从而让对方没有时间进行反击。这种缺乏交互性的游戏操作，也是不被允许的。
多人混战中禁止两家结盟。禁止两家文明建立两条及两条以上的商路，40T之前，禁止二打一。这样可以防止出现以多欺少的局面。强制城邦和平也是不被允许的，双方队伍进入交战状态后。如果对方正在攻打你方城邦，不准通过撤回外交官，与该城邦宣战强制对方与该城邦进入和平状态，或使对方单位弹出城邦边界。
禁止卡科技和卡市政BUG，这样会破坏游戏的公平性。PVP模式中被禁止信仰有锻造之神、十字军和信仰守护，因为其战斗强度过高。被禁止文明的也有很多，比如马普切、祖鲁、朝鲜、斯基泰、努比亚、澳大利亚、蒙古、美国、苏美尔、哥伦比亚、马其顿、俄罗斯、匈牙利、罗马和毛利等等。因为这些文明的战狂或者早期发展强度过高。
