隐藏关卡是元气骑士中特殊关卡,他并不会像主线关卡一样,可以直接通关。隐藏关卡要想进入,先要满足条件或者机关后,才能从隐藏的入口进入到关卡中。隐藏关卡中遇到的怪物会更难,但对应的奖励也会更加丰富。而且隐藏关卡的场景也会和主线关卡有很大不同。元气骑士中一共有的三大隐藏关卡,分别是沼泽关、墓穴关和溶洞关。每个影藏关卡在主线关卡中的位置不同,要进入所有隐藏关卡,最好主线关卡中通关。
首先来到森林关后,在关卡的房间中会看到一个奉献池,奉献池需要献祭所拥有的武器,武器的品质越好,所能得到的献祭值也就会更多。比如白色武器有一点,绿色武器有两点。最高的红色武器有五点贡献值,在献祭值满了后,关卡最终boss会变成哥布林祭祀。在成功击败哥布林祭祀后,就会开启一个紫色传送门。正常形态传送门都是蓝色的,进入紫色传送门就会进入到隐藏的沼泽关卡中。
还有洞穴关卡,洞穴关卡需要再主线密室关卡中消灭boss,然后在旁边出现蓝色传送门后不要急着传送,先在房间中寻找就能看到墙壁上出现一条小路,进入后就要开始解密。谜题比较简单,需要再限定时间内找到正确答案,然后就会进入到墓穴关卡中。在墓穴的宝箱房间中,选择一拳这时爆发伤害最高的红色武器,然后顺着墓穴房间前进,消灭敌人就能获得很多铁锭,赤金等材料,这些都可以用来打造甲级。
最后就是溶洞隐藏关卡了,在雪山的主线中打完boss后,会出现一个笼子。将笼子中的人就出来,然后进行交谈。之后会让出来一条路,走完这段路后就会来到溶洞关卡中。