首先要将主线任务做到一定进度，如果什么都没有完成是无法出岛到另一个地方去的。丽兹是塞拉多岛的道馆馆主，在口袋妖怪对战中搭配自己的队伍，合理使用技能将其击败，能够得到彩虹徽章作为奖励。前期比较推荐培养御三家，一个是确实也没有什么其他的妖怪用，一个是消耗资源不多，适合用来过渡。在海角小屋中还能够遇到经典角色火箭队，这时他们又在绑架妖怪，通过和他们战斗能够解救一只皮卡丘。在解救完成后，来到望远镜房间之内，这里有一名科学家能够与之进行对话。在对话完成后，就能正式获得前往一二三岛的资格。
光获得前往资格还不够，还需要得到岛屿的通行证。初始持有的是三岛通行证，能够在一二三岛之间来回往返，但也局限于此。通过升级彩虹通行证能够到达更远更多的岛屿，包括后期能抓到神兽的七八岛。升级通行证需要来到橘子群岛的一岛，在宝可梦中心的左边会有两个科学家，与其中一个科学家对话交互就能够完成升级。后续解锁其他岛屿同样需要升级通行证，多多完成主线能够加快进度。
在持有通行证后，一岛东边的码头有海豚号，乘坐渡船能够来到二岛。二岛同样具有特殊剧情以及主线，口袋妖怪的种类也会更多更特殊。做完二岛的主线后，乘坐渡船就能到达三岛，这里的主线仍然是打击火箭队，也有寻找游戏厅老板这类剧情。在进行主线以及岛屿探索之前，可以准备好回复道具以及足够的等级精灵球，避免遇到喜欢的妖怪却抓不到。岛上的怪物难度也不算太小，需要中途在合适的时机吃药回血。
