在观看完片头剧情后，游戏主角LINK被惊醒，小精灵NAVI传达命令，要求带领LINK去见GREAT DEKU TREE。至此玩家可以开始操作LINK。首先应与村中人物进行对话，以学习游戏中的技巧。在村中漫步时，可发现墙壁下有一个洞，钻入洞中可找到Kokiri Sword，这是游戏初期的主要武器。使用这把剑砍除杂草，并拾取地上的赏金。当钱币足够时，可在商店购买Deku Shield。装备盾牌和剑后，前往见GREAT DEKU TREE。游戏中NAVI会出现在C组键的上键位置，此时按C组键的上键可与NAVI交谈，她通常会提供重要的提示。见到DEKU TREE后，得知其受到诅咒，为了帮助它，LINK勇敢地进入大树体内。这是游戏的第一个迷宫，主要目的是让玩家适应游戏操作，难度不高。，在迷宫2层（以下简称2F），有敌人将脸埋在地下，当LINK接近时，它会攻击。对付这种敌人，只需计算好距离，用盾牌反弹它吐出的子弹。击中后可上前与其对话，从它那里获得提示。遇到这种敌人时，对话后通常可以购买物品。在迷宫中发现上方有梯子，但由于太高，LINK无法触及，此时可使用弹弓将其击落。在一间房中先在火把中点燃树枝，再用它点燃另一堆火把，注意点燃后要尽快熄灭火把，以便下次使用。经常可见到墙上爬行的小蜘蛛，使用弹弓将其击毙后，可获得金色头盖骨，这些金色头盖骨将在游戏后期发挥作用。到达最上方后，可跳下撑破1F地上的蜘蛛网，进入地下1F。在地下1F中，遇到蜘蛛网挡路时，应使用树枝引火烧掉它，以便继续前进。当感觉无路可走时，不要气馁，抬头观察，会发现蹊跷，此时拿出弹弓。在地下2F最后一个房间，会遇到吐子弹的三兄弟，使用盾牌反弹法，依次按中、右、左的顺序消灭它们。进入BOSS战，使用闪光弹使其昏迷，然后上前猛砍，它会跳上天花板下蛋。使用弹弓加Z键瞄准，可以轻松消灭它，几个回合即可击败。最后别忘了先吃大心，再进入传送点。出来后得知DEKU TREE命不久矣，拿到它交给LINK的圣石，悲痛欲绝地离开Kokiri Forest。在村口遇见与LINK青梅竹马的SARIA，她交给LINK一支笛子，这是重要的道具。一番离别后开始LINK的真正冒险。
首先应前往位于北方的Hyrule Castle，注意城门只在白天开放，所以只能在白天进入。进入城堡后第一间房间可以赚很多钱。通过打滚破坏房中的木箱，可得到金色头盖骨。在集市上有些小游戏，通过后可获得不错的奖励，有时间可以尝试。从集市正前方前往城堡，路上会遇见小女孩MALON，接受她的请求，她会给LINK一颗蛋。继续前进躲过卫兵的视线，在护城河旁找到正在睡觉的MALON的父亲，这时MALON给LINK的蛋应该已经孵化成鸡了。对着那位贪睡的父亲用鸡鸣，等他撤退后，利用两个木箱跳到对岸。然后钻进排水的小洞，进入后院。哇！睁眼一看，四下满是巡逻的卫兵，再次施展LINK那漂亮的过人动作吧！进入中庭后，遇见游戏第二主角ZELDA公主。经过一番对话后，得知后面的任务是寻找另外两颗圣石。从ZELDA的保镖IMPA那里学到ZELDA LULLABY这首皇家专用歌后，就可以向下一个地点Lon Lon Ranch进发了。
来到位于地图中央的Lon Lon Ranch，首先进入左边的房间，在限定时间内抓到三只特定的鸡，即可获得Lon Lon Milk。在牧场中央可以学到Epona Song，以后遇见奶牛时，吹这首歌，可以得到lon lon milk。牧场的最里面有间房间有很多木箱，想办法推开木箱，可钻入后面的小洞，从而得到小心。每找到4个这样的小心，可以使生命力加一。接下来又马不停蹄地回到最初的Kokiri Forest，从村子上方可以到达The LostWoods。这里有许多路，一旦走错就会退出。大家只需按照有左右左中左右的顺序，就可以到达Sacred Forest Meadow。进入最里面后，会遇见SARIA，从她那里学到SARIA SONG，以后就可以吹此歌来与她作心灵交谈。此森林中可遇到吹笛的小丑，对他们吹SARIA SONG可获得小心。然后就要向Kakariko Village前进了。从城堡旁过桥就可以到达Kakariko Village。这里有间房子里有只大蜘蛛，它拜托LINK帮它揭开蜘蛛们受到的诅咒。不是经常无缘无故收集到一些金色头盖骨吗？每收集到十个，就可以到这里来领到一份奖品，奖品可是非常丰厚的哟，那就抓紧时间开始收集吧！一般来说每个村子在晚上时都会出现携带金色头盖骨的小蜘蛛，有时间的话就可以在这方面多花一点时间。村子里有位妇人在寻找她的鸡，LINK可以帮她把那些鸡找到，然后扔到鸡圈中。顺便可以学到一招以后经常用到的技巧，抓住一只鸡，然后从高的地方跳下去，可以滑很远（滑翔"鸡"）。要注意有只鸡藏在木箱中，可以用滚撞法将木箱撞破。从村子上方来到墓场，在墓场最里面最大的墓前吹ZELDASONG，跳下随之出现的洞窟中。第一间房全灭敌军即可通过，第二件房不用管敌人冲过去，在最里面可学得SUN SONG，利用此歌可以转换白天黑夜。出来之后先吹SUN SONG转换为黑夜，此时可以将有些墓碑拉开，其中最上面靠中间的那个墓里有小心，这需要先吹SUN SONG将僵尸击毙。回答村子后对守山门的门卫使用ZELDA交给LINK的书信，门卫就会让路。可以去Goron City了。在这之前可以到Hyrule Castle的市集面具店为这位门卫买个面具。沿着山路来到Goron City，在最底层的Goron王门前吹作ZELDA SONG，进入之后再在Goron王面前吹SARIA SONG，可得到能举起炸弹的道具。用树枝引火点燃门口的火炬后，中间的大花瓶开始旋转，到第二层将炸弹仍进花瓶中可以炸出小心。来到Goron City大门外，将一巨型GORON身旁的炸弹从栅栏最低的位置仍下去，可以把下面山洞口的积石炸烂。顺便在右边栅栏处用后滚翻可取得山洞上方的小心。从刚才炸开的山洞口进去，可来到Dodongos Cavern。此迷宫难点解析如下：要多利用炸弹将看起来有点不协调的墙壁炸烂。在1F有一处的鱼型敌人，它的主要通过自爆来攻击LINK，可利用它的这一特性将某些墙壁爆烂。有一房间围了一圈炸弹，不过仔细观察会发现最中间没有，将起房间角落的炸弹投到那一点，一串破炸声后，炸出了一阶一阶的楼梯。2F有一房间一小截楼梯上有一堵可炸烂的墙（不大容易发现），不过墙旁没有位置放炸弹，这时可以将炸弹拿起后，多等一下，算好时间要爆时再投过去直接炸墙。在得到道具炸弹袋后，就可以身上带炸弹了，把炸弹仍进巨头像的双眼中，巨头像的嘴就会张开。进去之后会遇到本关的BOSS，将炸弹仍进它贪婪的大嘴中，一声闷响后就可以放心地猛砍它几刀。几个回合过去后，它倒下了！拾起掉落在地上的大心，进入传送点。从Goron王处取得第二颗圣石，LINK继续走向他的下一个目的地。
此时可以先到死山顶的大精灵洞窟学"超级旋风斩"（注意，山顶有两个洞，还有一个是通往火之神殿，现在不用去那里，不要走错了！站在大精灵池前三角神力的图腾处吹ZELDA SONG，大精灵就会出现。）。学完绝技后沾猫头鹰的光，鹰哥送LINK下山，不用费脚力了！哇，更令人叫绝的是鹰哥直接把LINK运到了Kakariko Village一个奇爽的位置，仔细观察一下，一颗小心可谓是手到擒来。回到Hyrule Castle，穿过市集到城堡外，可发现有一大石头挡住了一个小洞，炸烂它，钻入小洞。里面的大精灵会教LINK火魔法。穿过北东方的河流，可来到Zoras River。一进入即可发现有个长得十分肥胖的兄弟在那里嚼着扁豆，经过细问得知那是魔法豆，可以种植在松软的泥土中，等以后长出树后，可以通过它到更高的地方（LINK用空瓶抓的虫子也可以种在泥土中，等以后说不定有很好的结果呢）。LINK可以从他手中买到，不过这魔法豆的价钱会随LINK买的个数增多而增多。因这种道具十分重要，所以要尽量多买！这里有只鸡，设法将它一直带到小桥处，抓住它利用"滑翔鸡"原理往回飞可以取得小心；再回到开头再抓一只鸡，设法将它带到山顶瀑布处，同样利用"滑翔鸡"原理可以取得又一个小心。到达瀑布处吹ZELDA SONG可令瀑布停止，趁机冲进去可来到Zoras Domain。首先去Zora王房间左边进行跳水冒险，在限定时间内捡完钱后，可学会潜水之术，以后在水中按"A"键可以进行稍长时间的潜水。再用空瓶捉一条鲜鱼，这样就可以来到Zora王的面前了。经过询问之后，得知Zora王的女儿Ruto公主失踪了，并且接受了Zora王的委托帮他找女儿。说是可以帮他找女儿，可没有半点音讯啊。没有任何头绪的LINK正在练习潜水时，发现水下有一洞，潜进去后发现别有洞天，原来这里连通到Lake Hylia。在水中发现了一个瓶子，潜水取得后，原来里面有一封Zora王女儿Ruto向有缘拾得此瓶的人求救的信。首先到岸上稻草人处，吹一首随便自创的歌，不过要记录下音调哟，要不就没有用了。七年之后再来到这里吹这首歌就可以学会稻草人之歌。是时候将求救信拿给Zora王看了！Zora王看了信后，挪开他那肥肿的身子腾出了一条路。由此路可来到大鱼JabuJabu的跟前，将之前捕捉到的鱼放出来，JabuJabu会张开大嘴，LINK冒着可能被大鱼的胃酸腐蚀掉的危险，毅然冲了进去。看到这个迷宫的画面，你就会感到N64机能的强大了，但千万不要被画面所吸引了，这里机关可多了！走不了多久就可看到Ruto公主，LINK想带她出去，可她却一定要找到一件东西才肯离开。没办法只有帮忙了。走着走着突然Ruto公主掉下了陷阱中，LINK毫不考虑也跟着跳了下去。找到Ruto后，要举着她与LINK一起前进，还要充分利用她来压机关等。这样互相帮助，两人终于回到了1F。首先要到1F的最里面右边的门里取得回旋标，然后就可以利用回旋标消灭某些房中的长柱（利用"Z"键锁定目标，然后边引诱它攻击LINK，边用回旋标攻击）。把相应颜色的长柱破坏后，相应电流阻挡的地穴就可进入。一直往前走就会遇见本关的"小BOSS"，快速围着它转（速度要比它快），用"Z"键锁定目标，再用回旋标打它的后背。将小BOSS击毙后，当然就轮到真正的BOSS了。打它就更简单了，不断用回旋标加剑，一会儿就可搞掂。出来以后Ruto公主会把找到的圣石交给LINK，并且要LINK做她丈夫。哇，艳福不浅嘛，有了SARIA ZELDA，现在又多了一个RUTO。在Lake Hylia的吊桥处找到猫头鹰，搭乘它的便车回到Hyrule Castle。刚到这里就发现ZELDA公主匆忙地从城堡中逃出来，当她看见LINK时，向LINK仍了一个东西过来。这时LINK发现恶魔的使者Ganondorf正在追赶ZELDA，难怪ZELDA会逃得那么慌张，虽然LINK很想替ZELDA教训这个家伙，不过从这家伙身上散发出的逼人气势让LINK不能动弹。Ganondorf离开后，LINK从护城河中拾起ZELDA留下的"时之笛"，并且学会了Song of Time。进入市集旁的时之神殿，在神坛前放上三块圣石，再吹奏Song of Time。拔起石中剑Master Sword，奇迹发生了。。经过一段时间之旅，LINK来到了7年后。又是一段剧情介绍，什么时空英雄，什么拯救世界这类老套的东西，唉，我就不在这方面废话了。LINK已经是个大人了！心中暗自惊喜的LINK回头一看，迷之角色Sheik突然出现，可把我们的英雄给吓了一跳。经过交谈得知LINK下面首先应该去Kakariko Village。不过笔者认为有两个地方应该优先去，一个是Lake Hylia，然后是Lon Lon Ranch。
先到Lake Hylia，找到7年前的稻草人，吹奏7年前在其面前吹的那首歌，可以学会稻草人之歌。然后到Lon Lon Ranch，在牧场中与现任牧场主对话可以花点银子骑马玩。这时吹EPONA SONG可以把7年前那匹烈马叫出来，其上它再与现任牧场主交谈，就可与其赛马。轻松连赢两次后，再加速跳过牧场的栅栏即可拥有此马了，以后行路多方便！尤其是在寻找究极剑时更是要多利用它了。到了Kakariko Village之后，晚上进去，进入墓地，假如在左边坡上种过魔法豆，这时就可以踩着小树取得一颗小心。下来后推开有花的墓，进入与里面的鬼魂（其实就是7年前那个掘墓人）赛跑，追上他后可以取得短钩。吹奏TIME SONG，令挡路的石块消失（以后凡是发现这种石块都可以吹TIME SONG令其消失），直走可取得风车小屋的小心。在小屋主人面前拿出笛子还可学会STORM SONG。至此准备工作已经完成，可以去Forest Temple了。首先通过Lost Woods来到Sacred Forst Meadow，路上的敌人不要硬碰，避之为吉。到达神殿前时，遇到Sheik，并且学会了可瞬间到达这个地方的MINUET FORESTSONG。瞄准神殿门口上方的树枝使用短钩，可进入神殿。刚一进来肯定会觉得这个地方相当之大，后面的每一个迷宫都是有过之而无不及，所以要做好充分的心理准备。首先可在右上方取得一把小钥匙，然后应进入正前方的房间取得又一把小钥匙。出来又用TIME SONG让挡路的石块消失，进去将里面走完可以取得地图和小钥匙。出来后利用小钥匙进入最左方的门，遵照箭头的指示将石块腿就位后，可以踩在上面到达上一层。在那里可以取得弓箭，到之前到过的楼梯处，将画中的幽灵用箭射死。再到螺旋过道前，射门上的眼睛可以将过道变正，可取得里面的BOSS KEY。跳入因方向扭曲而出现的洞中，经过一段距离后，会来到另一个过道，同样用弓箭射门上的眼睛，将通道变正，可以到达新的地方。再次射杀画中幽灵后，走不多久就会进入一个有旋转台的房间，隔着火把用弓箭射被冰封住的眼睛，或着是直接用火魔法烧那个眼睛，都可以通过这间房间。到达一个上方满是拼图石块的房间后，需连续两次在限定时间内将石块的图案拼成幽灵的形状，就可与幽灵战斗。胜利后大摇大摆地回到大厅，会遇见分身幽灵，只需用弓箭射它的真身，一会儿功夫就可将其击毙。进入大厅下方的暗室后，推墙壁伸出的把手部分，再踩两下机关就可见到本关BOSS了。LINK又见到了与自己实力悬殊的Ganondorf，心中不禁暗自一惊，不过不用怕，LINK已经是大人了！当Ganondorf从画中冲出来时，用弓箭射他，几回合后，他就会出来用魔法攻击LINK。不过这正中了LINK的下怀，用Master Sword随便乱舞两下就可以把魔法反弹回去，假如他把魔法又给LINK弹回来，乱舞两下Master Sword又可以把它弹回去（不要靠反应，随便乱按绝对能赢），这样弹来弹去最后还是只有Ganondorf自己吃了。LINK毫不忧郁，上去又是一阵猛砍，最后Ganondorf倒了，LINK还没来得及高呼"世界和平"就发现原来这个Ganondorf是假的。唉，拯救世界哪有那么容易啊！取得大心后，进入传送点，沉睡在SARIA体内的森林贤者之力被唤醒了。回到时间神殿，LINK再次遇见了神秘的Sheik。从她那里学到了PRELUDE LIGHT SONG，吹这首歌可以瞬间回到时间神殿（看来比骑马不知划算多少倍）。而且LINK也学会了穿越时空的方法，只需将Master Sword插回石头中，就可以回到7年前，这样就可以把以前没能收集到的东西找齐了！下一个任务是到火之神殿。首先来到Goron City后，用炸弹令正在2F来回打滚的那只Goron停下来，可以从他那里取得一件抗热衣，有了这个LINK就不怕在火山里待久了！从最底层长老房间的暗道来到了Death Mountain Crater，利用短钩荡过断桥就会遇见Sheik，他会教LINK吹BOLERO FIRE SONG，吹这首歌可以瞬间回到这里。进入火之神殿后，应首先到左边的房间，那里可遇到长老
