序言：远古时代，龙人族因智慧与力量而繁盛至极，欲向天空发展，挑战诸神地位，激怒神明，神创巨龙将龙人族打入深渊。时光流转传说淡去，一名野心家发现传说非虚，阴谋展开。
札幌萨摩伊克尔洞窟 │ 大雪山 摆渡口 网走─┴ │ │ ── 下之人村 札幌 │ │ │ │ ─ ──东南洞窟 函馆 在札幌村旅馆，万能屋“幻斗”与“红丸”遭遇忍者追杀武士，助武士打退忍者，武士托付密书于“幻斗”，指向江户幕府“伊豆野神”大人，关系天下命运。往南至函馆得知需通行证，往网走村寻求“伍卫门”帮助。
网走 进网走酒店，得知需找回金之琥，往东南至下之人村，长老指示金之琥在萨摩伊克尔洞窟，摆渡老人固执，需先至东南洞窟寻找奶油饴。
摆渡口 回下之人村，长老建议至东南洞窟寻找重要物品，众人至东南洞窟，找到奶油饴，给摆渡老人，通过摆渡口至萨摩伊克尔洞窟，找到金之琥。
网走 将金之琥交给酒店老板，得知“伍卫门”即老板，制造伪通行证，众人至函馆，通过关所至弘前。
弘前 江户幕府封锁弘前，发现秘密地道至隐之里，妖魔村村民被鬼袭击，帮助村民打退鬼，长老请求消灭恶鬼，派“玉裳”前往毒森林。
毒森林 “玉裳”独自深入森林，与鬼苦战，众人协助，“玉裳”身受重伤，长老指示前往白青蛙洞穴寻找治疗之物。
白青蛙洞穴 在洞穴中找到白青蛙，消灭后获得白青蛙之卵，治疗“玉裳”，长老赠予妖刀“村雨宝刀”，众人通过关所至仙台。
水户关所 关所内发现“信长”埋伏，伍卫门缠住“信长”，众人通过关所至水户城，发现老人“三国”为抢夺龙宝，将众人送至江户城牢房。
江户城 “伊豆野神”假传命令，将众人送至江户城，交还密书，说明龙宝“麒麟大刀”、“操龙玉”、“封龙玉”具支配天下的力量，隐藏在虾夷、日向、播磨，指示前往下城找“不知火时”小姐。
下城 至下城，与“电气源内”会面，被拒绝，至五番楼，得知“五番楼”为反抗江户幕府的大本营，邀请“电气源内”加入，前往寻找巨船“海龙丸号”。
海龙丸洞窟 在洞窟中找到“海龙丸”号，出航至难波购买零件。
难波 得知需线圈，至TO TO工具店，发现线圈被“美铃”拿走，挑战“美铃”，打败后获得线圈，邀请“美铃”加入，寻找“雷龙”。
六角山 至六角山，与杀手集团“正宗”战斗，打败“雷龙”，获得“操龙玉”，得知需找到“天之丛云”对付圣龙。
神户 返回神户，会见“宗源”，得知“美铃”与龙的秘密渊源，众人决定寻找“天之丛云”。
大山 至大山，拾得朱雀羽根，至出云。
出云神社 开启神社大门，发现“小林桄榔”抢走“天之鸟号”，捡到设计图金属板，返回海龙丸号。
海龙丸号 “源内”改造“海龙丸”，修复后出航，至长崎。
长崎 “源内”表示需“虹石”修复“海龙丸”，至阿苏山山洞寻找。
阿苏山山洞 在第四层找到火石，击败怪物，返回长崎。
长崎 长崎遭破坏，得知“小林桄榔”抢夺“封龙玉”，与“四郎”联手打退“半藏”，决定前往日向的樱岛之地。
土佐 至土佐村，与龙人族长会面，获得“克莱茵之壶”，返回长崎。
长崎 “海瑞”加入，修复“海龙丸”，获得“克莱茵之壶”，决定寻找“天之丛云”，至弘前打听情报。
弘前 出村至日光，得知需妖刀“村正”开启祭庙之门，至越後之村。
