《寄生前夜Ⅱ》作为20世纪末的巨作，在玩家们的翘首以盼中与大家见面。这款游戏不仅考验玩家的智力与反应，而且在剧情上更为扑朔迷离，画面精美，难度适中，所以极具可玩性。本作的系统与上一代大相径庭，尤其是战斗系统方面，由半真实时间制转变为更具动作性的系统。
战斗系统指南： 遇敌后，使用“□”键瞄准，R1键射击，部分武器使用R2键有特殊功能。 “△”键发动超能力，“○”键确定能力选择。
游戏系统操作： “START”键：打开菜单。 “USE”键：使用装备或道具，务必将所需物品放入防具口袋中备用。 “KEY”键：使用贵重物品。 “R.ENERGY”键：超能力觉醒、加强及功能。 “MAP”键：查看地图。 “OPTION”键：进入设定。 “SELECT”键：与“MAP”功能相同。 “△”键：移动中使用超能力，菜单中查看物品并详细解说。 “×”键：跑动或否定。 “○”键：确定、调查、对话、上下楼梯。 “□”键：同“○”。
经验值与能量值： 本作取消了级别系统，HP可通过更换装备及部分药物增长，MP同样如此，或通过觉醒和加强超能力，或通过战斗后获得的EXP增长。 战斗后获得的EXP可用于觉醒和加强能力，BP的功能与金钱相似。
地图解读： 红色三角表示主人公所在地。 蓝色方块代表“门”，带有黄色“钥匙”的地点需钥匙或磁卡进入。 绿色“T”字代表电话（存盘点）。 黄色“B”代表置物柜（不互通，！）。 大片红色区域表示有敌人或目的地，小心！
剧情与任务： 主角AYA在上一事件后辞去警察职务，两年后为FBI效力，继续调查“线粒体”事件。 在情报局训练场进行射击训练（可反复获得EXP）并适应新系统。 前往火器管理室购买物品，然后去车库与入口人员对话，选择第二项出击，来到事发地大楼。 在大楼中与特种部队小组遭遇，调查尸体可取得武器。 接电话并存档，进入剧情获得钥匙，调查尸体发现零件，请求支援被拒绝。 通过调查和取得物品，解决电梯问题，与BOSS交战，最终撤离大楼。
后续任务： 回到中心后，接到新任务，前往西部小镇调查失踪案。 在小镇中解决一系列谜题和战斗，最终获得关键物品。
矿山探险： 来到矿山前遭遇狙击，进入东部矿区，利用木板过桥，进入基地内部。 在地下进行一系列探索和战斗，最终与BOSS交战。
地下基地探险： 在地下基地中探索，与BOSS交战，解决各种谜题，最终获得关键物品。
最终决战： 在地下6层与BOSS决战，使用超能力应对异常状态，最终消灭BOSS。
游戏结束： 游戏结束后，可以存档重新开始，探索更多未知的挑战。
