在2052年的混乱世界中，玩家作为一名装备了分子机械的新人类，加入了联合国反恐怖联盟（UNATCO）担任新探员。任务是从恐怖分子手中解救被劫持的“灰死病”疫苗，并揭露隐藏在事件背后的阴谋。
New York Liberty Island
- 起始点：位于SOUTH DOCK，捡起撬杆，打碎木箱获取望远镜，与哥哥PAUL DENTON对话，选择武器（我选择了狙击枪），从出口离开。
- NORTH DOCK：避开巡逻的NSF恐怖分子，进入NORTH DOCK，干掉恐怖分子，与HARLEY FIBEN对话，获取正门钥匙和恐怖分子头子相片，离开。
- 图书馆：从NORTH DOCK进入图书馆，有两种方法：
- 方法一：通过黑暗路段，找到电子记事本，输入用户名和密码，打开正门。
- 方法二：从屋顶进入，干掉守卫，沿楼梯向上。
- 与恐怖分子头子对话：完成任务，图书馆安全。
UNATCO HQ
- 总部入口：与PAUL对话，进入总部，向下来到地下第二层，进入JOSEPH MANDERLEY的办公室。
- 获取信息：与秘书交谈，获取用户名和密码，在电脑上查询资料。
- 与MANDERLEY交谈：获取用户名和密码，进入休息室。
- 与ANNA NAVORRE对话：得知她将是行动同伴。
- 离开Liberty Island：从SOUTH DOCK上船离开。
New York Battery Park
- CASTLE CLITON：跟随NAVORRE，进入CASTLE CLITON，干掉守卫，获取密码，进入集装箱，完成任务。
- 地铁站：干掉守卫，跳过红外线网，从排气管道进入，完成任务。
- TON HOTEL：进入酒店，与GILBERT RETON对话，进入PAUL的房间，完成任务。
- THE UNDERGROUND酒吧：与黑衣男子对话，获取信息。
- JOJO’WAREHOUSE：与SANDRA REATON对话，获取信息，进入JOJO’WAREHOUSE。
- 完成任务：找到最后一个AMBROSIA桶，与LEBEDEV对话，返回总部。
Hongkong
- MJ12香港总部：解除JOCK直升机武器锁定，完成任务。
- 寻找TRACER TONG：在WANCHI MARKET了解情况，找到MAGGIE CHOW的公寓，完成任务。
- 与MAX CHEN会面：在LUCK MONEY CLUB找到MAX CHEN，完成任务。
- 与TONG会面：通过密道找到TONG，接受新任务。
New York HELL’S KITCHEN 2
- BROOKLYN NAVY SHIPYARD：与VINNY的朋友对话，进入船坞，完成任务。
- 直升机：从船坞出发，前往纽约西墓地，与COWD对话，进入密道，上直升机离开。
Paris
- CATACOMBS：与CHAD对话，获取地图和电子钥匙，完成任务。
- 13号酒吧：获取信息，找到NICOLETTE DACLARS。
- DACLARES家旧宅：找到电子钥匙，进入秘密电脑室，完成任务。
- 家族墓园：进入地下通道，完成任务。
VENDENBERG
- 基地指挥中心：与女科学家对话，进入指挥大楼，完成任务。
- 指挥大楼：与SAVAGE博士对话，获取信息，进入中央控制室，完成任务。
AREA 51
- COMM BUILDING：找到电子钥匙，进入HANGAR18，获取开门密码。
- SECTOR3：使用密码进入，完成任务。
- SECTOR4：与中央电脑HELIOS对话，打开门，与SAVAGE博士通话，完成任务。
游戏通过一系列复杂的任务，引导玩家揭露阴谋，击败敌人，最终拯救世界。
