主人公为印加帝国王族血统的混血后代，故事始于新大陆波多韦罗。接受情侣芬的委托，与敌对势力巴士科斯争夺市场，助力埃斯康特势力扩张。在港口购得中型双桅三角帆船及初始资金50000元，每月需向埃斯康特支付1%的金钱。在新大陆积累财富后，向玛尔德纳德宣战，消灭其势力后，芬将出现并指示主人公离开新大陆，将所有占有率转至埃斯康特名下。向埃斯康特宣战，返回波多韦罗，柳科出现，揭露埃斯康特利用主人公的真相，并建议加入。出海后柳科提示主人公父母遗留的纪念品，获得披肩，并得到神秘刀鞘。消灭埃斯康特后，柳科与主人公决定返回故乡客劳（南纬8度，西经78）。沿途在补给村约热内卢（南22西43）、蒙特维多（南38西60）、法耳巴拉索（南38西73）补给。抵达客劳后举行祭奠，柳科发现王族舞步与披肩编织方法相同，建议前往波多韦罗遗迹探索。在遗迹中获得典礼用小刀，与刀鞘结合，获得比塔科史的刀刃地图。
在非洲消灭埃斯皮诺沙后，在圣乔治，一位青年告知可疑人物欲将霸者之证部分地图卖给埃斯皮诺沙，指示主人公前往开普敦阻止。购买神秘石板上半部后，在总督府得知霸者之证线索位于遗迹中。在圣乔治遗迹获得石板下半部，获得霸者之证地图。需完成过河小游戏：先让老人带领主人公过河，再带青年过河并返回，随后带柳科过河，最后再次带主人公过河。
在地中海从阿尔及尔酒馆得知霸者之证线索在金字塔中。在亚历山大遗迹完成填数游戏，获得图案布（填数：2，8，34）。在伊斯坦堡得知黑死病疫情，南特或马塞可能有治疗方法。在南特酒馆获得治病方法的日记，返回伊斯坦堡救治病人。在港口转一圈后，返回伊斯坦堡，在同业公会获得遗迹地图，在遗迹中获得黄铜制煤油灯，获得地中海霸者之证地图。
在印度洋消灭纳哥普尔后，在卡利亥特获得贵霜朝大盘，在巴斯拉获得莫阿丁天文观测仪。在索哥德拉寄港时，水手指引前往卡利亥特遗迹，发现霸者之证线索在巴斯拉遗迹。返回卡利亥特获得线索，再去巴斯拉遗迹，获得不枯萎的莲叶，放入大盘中，获得印度洋霸者之证。
在东南亚阿镇有人告知霸者之证线索在吉阿丁遗迹。前往吉阿丁遗迹，再至马六甲遗迹，返回吉阿丁遗迹，获得古代王国钱币。消灭库恩商会后，获得装有乳液的壶，合并获得印度洋霸者之证。在马尼拉遭遇佐伯，为争夺霸者之证与主人公开战，战胜后获得金铜币钱（东亚霸者之证地图线索）。
在东亚抵达澳门后，得知泉州有人寻找主人公。在泉州一位老人告知霸者之证地图在杭州遗迹。在杭州遗迹获得唐代竹艺品。消灭来岛后在京城李家获得竹艺品组合说明书，在京城酒馆获得东亚霸者之证地图。
在北海协助格尔哈特消灭敌人后，格尔哈特加入。在南特寄港时，水手告知斯德哥尔摩教堂有人寻找主人公。在教堂获得霸者之证线索，在汉堡教堂获得红色染料。消灭克利福德军后，在阿姆斯特丹酒馆获得老旧羊皮纸，合并获得北海霸者之证地图。
集齐七个霸者之证后，返回波多韦罗，即可目睹大结局。
