故事伊始承接前一代的情节：令狐冲与任盈盈在黑木崖击败东方不败。历经苦战主角本欲远离纷扰的武林，寻求安宁，却未能如愿。两人刚下黑木崖，便遭遇君子剑岳不群。师徒见面即起冲突，岳不群指责令狐冲为叛徒，与魔教女子勾结，不听令狐冲解释，突然拔剑攻击。为救任盈盈她替令狐冲挡剑，身受重伤。令狐冲见状抛却师徒之情，与岳不群展开激战。这是游戏中的首场战斗，玩家可借此熟悉战斗系统。战斗难度不高，玩家可轻松应对。击败岳不群后，发现任盈盈伤势严重，两人不愿返回黑木崖，遂前往恒山派，寻求定闲师太以天香断续膏为任盈盈治疗。
离开黑木崖经一座小桥至新地图。夜幕降临任盈盈重伤，两人决定找客栈休息。附近有一家云来客栈，便入店订房。休息之夜令狐冲梦见恩师风清扬，向他传授剑宗对敌策略，即介绍了游戏的战斗系统。一夜过后两人继续赶路，却在门口遇到嵩山派大阴阳手乐厚。乐厚听闻令狐冲被逐出师门，意图落井下石，欲消灭令狐冲。令狐冲挺剑而上，这是游戏的第二场战斗。敌人有三名乐厚实力不俗，但仍不敌令狐冲。乐厚战败后纵火烧店，令狐冲与任盈盈被困，只得寻找出路。在一楼东北角找到斧子，上楼至最西边房间，触发游戏首个小游戏——斧子砍窗户。游戏操作如下：四扇窗户中，有一扇会发光，对应左上方的四色槽，将光标停在对应窗户的槽内。待光标与右边槽内刻度线重合时点击，左下方的损耗槽会上升，时限内损耗槽满，游戏结束。难度虽高但令狐冲成功劈开窗户，两人逃出客栈，躲过一劫。
离开被焚毁的客栈，两人继续前往恒山。往地图北行至恒山脚下。一入恒山在入口处遇一小贩，可在此购买药品。类似商人不少，且有卖武功秘笈，玩家需留意。继续北行至恒山本院。进入大厅见到定闲、定逸、定静三位师太。两人说明求药意图，定闲师太同意，但有人反对，称任盈盈为魔教中人，正邪不两立。争执中任盈盈昏厥。定闲师太决定救人为先，放走反对者，两人正要休息，却有人报告魔教来袭，定静师太遇险。众人立即迎战，令狐冲发现对方使的是嵩山派武功，并非魔教。将其打败发现是乐厚伪装，原来嵩山掌门左冷禅欲吞并五派，建立五岳剑派，定闲师太不愿合并，招来报复。定闲放走乐厚，但定静师太不幸去世。料理定静后事，定闲师太开始为任盈盈治疗。经过诊断师太说需四味圣药：延年草、金桐树之叶、紫花地丁、千年辛夷，均在药山可采。令狐冲决定前往药山。
前往药山前需在各个屋子搜寻，其中有一本重要的《移形换位》秘笈，对剧情发展至关重要。在恒山通元道西北方向可找到药山入口。药山是游戏首个迷宫，需使用角色技能。技能系统是笑傲江湖的一大卖点。通过菜单中的书册选项研读武功秘笈，再通过战斗积累经验，让角色学会各种技能，最后应用这些技能打开迷宫中的机关。本迷宫需的是轻功和潜水。首先练习《移形换位》秘笈，提高轻功等级，可跳过更高的悬崖。练至轻功2级，可至药山二层跳过2级悬崖，获得《龟息大法》秘笈，学会潜水技能。为走通药山需龟息2级技能，继续练功。练至龟息2级，可探索药山，最终集齐四圣药。
集齐四圣药后，返回恒山，师太开始为任盈盈治疗。任盈盈醒来后，听闻嵩山派伪装魔教报复，气愤异常。经过波折任盈盈希望先回黑木崖看望父亲任我行，令狐冲也要前往少林与两位师太会合，声讨左冷禅。两人决定先去少林，再回黑木崖。
告别恒山过桥至下一块地图，少林寺在地图右上方。进入少林前往别院，在一房间内发现定闲、定逸两位师太倒地，生命垂危。定闲师太决定让令狐冲担任恒山派下任掌门人。令狐冲推辞但见两位师太临终相托，只得接下。送任盈盈回黑木崖，在桥旁遇到任我行，被其看重，想劝其入教。令狐冲以师太托付掌门之职为由，告知任我行需马上出发。分别时任盈盈要令狐冲前往苗区野店看望黄河的老头子。
离开黑木崖不远即可到达野店，遇到仪琳。得知恒山无色庵前莲花池中有生观音莲，可采来作药材。前往少林寺得知两位师太已被火化，带着骨灰返回恒山。在恒山派众弟子面前，令狐冲答应接任掌门之位，但要求只做掌门师兄，与众人平辈相称。商议掌门登基事宜，定于二月十六。令狐冲认为应了解恒山派武功，便请众师兄妹指教。众人决定让令狐冲前往练功步道修习剑法。从恒山本院西侧可上练功步道。此迷宫敌人较强，关卡众多，需小心应对。与四组恒山弟子切磋后，即可回掌门住所休息。选择休息选项，令狐冲的第一段情节便告一段落。
交换disk4，镜头转向蓝凤凰。她仰慕令狐冲，但只能独自长叹。此时她已成为五仙教教主，但为正式接任，还需经过两大考验。
出了紫云寨向东过桥，可至圣地附近。进入圣地面对一条弯曲的山道，尽头处有一个山洞。此处可能藏有蛊兽。进入山洞走到最里处，奇怪蛊兽未现身时，一阵山摇地动的怪异吼声传来，一只怪兽出现！这是历代五仙教教主驯服的蛊兽，蓝凤凰顺利击倒，成为她的宠物。自此蓝凤凰多了战斗伙伴。山洞尽头是五仙教的圣地，但似乎还不是时候，于是蓝凤凰带着蛊兽回紫云寨。
进入寨口枭长老已在迎候，见到教主和蛊兽归来，深感欣慰。与此同时蓝凤凰的两位老友祖千秋和老头子前来拜访。原来他们也收到令狐冲二月十六接任恒山掌门人一事，正想相约上恒山见证庆典。听到消息蓝凤凰对令狐冲的思念再次被点燃，决定前往恒山。但刚出寨门就被枭长老拦住，希望她以大局为重，先练成心蛊，成为名副其实的教主，以平息教众的反叛之心。在蓝凤凰道出她的心思后，枭长老默默让到一边，只叮嘱她早点回来。
与寨中人对话得知，碧水寨与外界有商贸往来，是通往外界的唯一出路。进入碧水寨遇到一个像癞蛤蟆的人，名叫绿蛤蟆。原来他是绿水寨的寨主，设宴款待蓝凤凰，言语中流露出反叛情绪。蓝凤凰以赶路为由谢绝邀请，在蛊兽的帮助下，成功脱身。
离开碧水寨来到熟悉的“黑木崖附近”场景，过桥至恒山，一路相安无事。
话锋一转回到令狐冲这边。他与仪琳商量接任大典事宜，不戒大师突然闯入，声称要加入恒山派。令狐冲深感不戒做事之豪放不羁，果真是“不戒”。
转眼间接任大典开始，日月神教、少林、五当派均派人来贺，唯独没有五岳剑派的人。见到众多故友，令狐冲感慨万分，与各人一一聊天叙旧。谈笑间不速之客突然来访，原来是嵩山派的乐厚，手持五岳令旗，口传左冷禅号令，阻止令狐冲接任恒山掌门人。
双方争执时任盈盈来到恒山，令狐冲喜出望外。任盈盈夺走乐厚手中的五岳令旗，乐厚恼羞成怒，向任盈盈攻来。令狐冲挺剑而出，又一场恶战在所难免。
乐厚不愧为嵩山“太阴阳手”，招招伤血极多，若非有一定修为，令狐冲恐怕就得血溅恒山了。要对付他唯有以静制动，待limit槽蓄满，后发先至，一招破剑式就让乐厚受了伤。
令狐冲与乐厚交战正酣时，任盈盈偷偷将令旗偷换成五仙教的五毒旗；待乐厚战败，任盈盈又用这面旗帜嘲讽了乐厚一番，还带领手下加入恒山派。乐厚只得灰溜溜地离开无色庵，临走时丢下几句话，说五岳剑派合并大会将于三月十五日在嵩山召开，让各派掌门人前去参加。
少林方证大师与武当冲虚道长有要事与令狐冲相商，相约前往悬空寺，让蓝凤凰先去恒山别院休息。蓝凤凰心中顿感失落，但也只得如此。
前往别院途中，蓝凤凰竟又遇见乐厚！原来这家伙并未下山，而是埋伏在恒山通元谷道上，意图夺旗。这一战难度也不亚于刚才的令狐冲与乐厚之战，幸好还有蛊兽相助，两人互相照应，击退了乐厚，到达了恒山别院。
在别院与祖、老二人闲聊时，接到苗区飞鸽传书，说苗区生变，五酋反叛，蓝凤凰只得迅速启程赶回苗区，平定叛乱。
另一方面在悬空寺里，方证与冲虚正与令狐冲商量五岳合并的对策。原来五岳合并只是左冷禅野心阴谋的第一步，下一步就会是魔教、少林和武当，直到称霸武林。令狐冲得知五岳合并背后的巨大阴谋，向两位前辈请教对策。方证与冲虚都觉得应该将计就计，促成五岳合并，但要让令狐冲夺得掌门之位。令狐冲虽觉不妥，但别无他法，便向两位前辈表示尽力而为。
出悬空寺三人被日月神教鲍大楚与上官云率人包围，以毒水暗器相威胁，"邀请"三人前往黑木崖"做客"，还要先砍下右手。正当危急之时，任盈盈奋不顾身地挡在令狐冲身前，令鲍大楚不敢轻举妄动；同时发动离间攻势，说服上官云服从她的命令。鲍大楚被孤立，只得孤注一掷，但被令狐冲与任盈盈联手轻松击败。
恒山危机既解，令狐冲准备启程赴嵩山三月十五大会。行前先去无色庵向仪和辞行，这时仪琳也出现，告诉令狐冲岳灵珊嫁给了林平之的消息。听闻此消息令狐冲十分伤心，但以大局为重，还是离开恒山，与任盈盈先去少林寺拜访方证大师，查找左冷禅杀害定逸、定闲两位师太的证据，再去嵩山参加五岳合并大会。
二人到达少林寺，却被一武僧告知方证大师正闭关修炼，不见来客。令狐冲请武僧转告方证大师，是令狐冲来访。岂料武僧竟不相信来人是令狐冲，令狐冲只得提议让武僧考验他。于是三道艰难的考题摆在了面前——木人巷、铜人阵和十八罗汉伏魔阵。
先闯木人巷。这里比较简单，对手是一帮木人，迷宫也不复杂，任务是扳动所有机关。这里的宝箱中可以找到天经神书的秘笈，用于修炼气力等级（这里有的机关必须有一定的气力等级才能扳动）。扳动达摩堂、木人巷地下一层的机关后，有一块黄色地板可降到达摩堂地下2层，扳动另一个机关，再回木人巷，有一处地板可上升，之后再扳动一个机关，就可以成功通过这关考验。
接着去罗汉堂，过铜人阵。进阵前武僧交待了任务：取得降龙伏虎两尊佛像，然后敲响佛法钟。进阵后发现左右各有一门，估计就是取得降龙伏虎像之处。但是刚走了几步，就与一帮铜人交手，获胜后仍然被踢出大门。仔细回忆武僧的话，才想到他曾说过，只要牢记“阿弥陀佛”，就能破阵。刚才看见阵中地板上全是“阿弥陀佛”字样，看来只要按着顺序走就没问题。不过这里有18秒的时间限制，动作还是要快哟！（幸好时间在失败后会重置）拿到两尊佛像后，走中间的门，可到后院，大殿前有两个石台用于放置两尊佛像，之后中间的殿门可以开启，进入后敲钟，闯阵成功！
最后是十八罗汉伏魔阵。向外走到大殿外，面对的是三大高手的挑战。他们三人左边的善攻，右边的善防，中间的则会给三人补充生命值。自然应该合令狐冲、任盈盈二人之力，逐个击破。第一个当然是中间的，干掉他以后，就不会再出现辛辛苦苦打掉敌人不少血，却被一次补回的情况。接着是左边善攻者，最后右边的就没什么问题了。
通过了三道难关，武僧终于相信来人就是令狐冲。他提到此三阵五十年来无人能破。当令狐冲问道五十年前破此阵之人时，武僧答道是风清扬！此时方证大师也出关相见。当令狐冲问及定逸、定闲两位师太的遇害证据时，方证推翻了之前凶手是左冷禅的判断。由于伤口只有针孔般大小，疑是葵花宝典或者辟邪剑法所为。一种东方不败未死的猜想浮上众人的心头。
对于嵩山三月十五大会，方证表示，本应率众上山助威，无奈边疆告急，朝廷命令少林弟子抵御外敌入侵，助威之事，只得作罢。但他向令狐冲推荐了一人，此人姓李名童，乃戚继光旧部，抗倭英雄，现在江南福州开武馆。如能得他相助，那么必能事半功倍。于是令狐冲与任盈盈又开始了南下的旅程。
镜头再次转到蓝凤凰。因为苗疆出现叛乱，所以需要匆匆赶回的蓝教主将苗地的五大山寨一一收复。首先是碧水寨，登上阁楼，可在一屋内发现一机关。开动机关可进入地下迷宫。此迷宫需要的个人技能主要是蓝凤凰的蛇索、耐毒和蛊兽的破山术。耐毒也就是五仙教秘传百毒齐解，是蓝凤凰本身就有的，只要提高等级就可应付迷宫中的毒雾。《蛇矢》可在地下迷宫的二层取得，习得后，便可放出蛇索过那些深坑了。另外一提此迷宫中遇敌机率颇低，但不得不靠练功来达到要求不可，所以会很让玩家比较难过。在此各位可考虑让一个角色修练提高遇敌机率这种特技，或许会有所帮助。在此迷宫中需要利用蛇索和破山术开动机关，到达地下，再从另一个楼梯上去，就可见到碧水寨的寨主绿蛤蟆。此boss并无什么特别之处。打败他后可得染血的令旗和绿蛤蟆疣。碧水寨的情节即告完成。
碧水寨一战揭开了平定苗疆的序幕，出寨就会发现与中土相连的桥已无法通行，蓝凤凰和蛊兽唯一可去的就是青竹寨，其他几寨都不得要领。进入青竹寨发现整个寨子可去的仅有一处青竹楼，进楼七拐八拐，沿一段梯子进入地道。在此地道有些地方通行需要收蛊和举鼎能力，将蛊练到一级之后，在地下一层可收服蛊物，并打开前往下层的机关。利用蛊兽举起石头朝未开启的桥砸去，可以开启放出桥面的机关。一直如此一路下到地下4层，经过复杂的搬石头过程，放出两座桥。过桥后向左看可以发现一比较隐蔽的机关，按下去发现前方的门升起，过了门回到楼内，进入一道原来不开的暗门，和青竹寨的寨主青竹丝对决，将其击败之后青竹丝和蓝凤凰两姐妹重叙旧情，言归于好。青竹寨亦告收复。
回到紫云寨在自己房间门口碰到青竹丝，此处可接一支线任务可在将来回通元谷时帮她收回乌冠金蛇。接下就轮到黑巢寨，寨主正是蓝凤凰的继母黑蜘蛛，对教主之位一直怀有野心，这回又不知道在酝酿着什么阴谋。进入寨中
