第一章：初涉奇术，追忆往昔 开场动画后，诸葛亮从梦中惊醒，叔父诸葛玄入内安慰，两人回忆起主角父母丧生的那场火灾。叔父离开后主角偶遇神秘仙人，得知自己的使命，约定次日山溪边相见。主角误了时间，匆匆来到隆中山，遇见幼童，经过对话后，幼童指引主角前往隆中山破屋，与水镜先生对话。水镜先生试探主角武功后，主角获得《遁甲天书》，并得知责任重大。出门遇见樵夫，得知破屋为鬼屋，主角再次进入，发现水镜先生竟是幼童，二人对话后，主角跟随幼童回家。叔父与主角介绍四灵兽，得知幼童名为小六，决定再探青龙洞。
第二章：三顾茅庐，收服青龙 主角与小六前往青龙洞，遇到厉鬼，击败后得知需龙蜒草解结界，前往药王谷找到龙蜒草，解开封界，在华佗鬼魂帮助下，使华佗复活。小六告知主角一切安排，主角随小六学习法术，奇门遁甲等，小有所成。小六告知主角青龙洞将有大事发生，主角前往青龙洞，遇到青龙，出口时遇见第一位女主角，误以为是小六，揭穿后，女主角受伤，主角前往药王谷寻找止血草，疗伤后，女主角离去，小六出现，告知主角与他的关系，主角决定回家。询问小六女主角下落，得知在黄家庄。
第三章：黄家小姐，对抗青龙 主角前往黄家庄，与黄承彦对话，黄月英出现，众人决定对抗青龙，前往诸葛村。途中月英发现杀气，主角与月英前往青龙瀑布，与于禁开战，击败后，于禁离去，青龙再次出现，叔父和黄承彦赶到，赶走青龙，修复结界。黄承彦有意让主角与月英订婚，主角拒绝，月英伤心离去。主角与小六对话，得知曹操与袁绍开战，月英抗婚出走，主角决定投靠明主，小六与主角前往南阳。
第四章：神月山，收服朱雀 主角与月英前往神月山，遇到赵小妹被神秘人挟持，主角与赵云前往雀尾峰，击败神秘人，得知是赵传。回到客栈赵云前来，众人决定前往新野。新野城刘备邀请主角加入，主角故意拒绝，刘备离去。小六告知主角朱雀栖息地，主角与关羽前往神月山，收服朱雀，得到《枳羽天书》。回到新野刘备决定去博望坡，主角施法火烧曹军军营，曹军撤退。曹军营寨主角与关羽、张飞、赵云开战，曹军撤退。
第五章：合肥之战，收服玄武 主角与刘备、关羽、张飞、赵云前往合肥，与曹操议和，曹操拒绝，主角决定前往江东。在赤壁周瑜出现，邀请主角加入吴军，周瑜去建业，主角前往柴桑保护周伯伯。周伯伯被囚禁，众人前往水牢救人，发现小六冒名，与小六分别后，回建业，与周瑜、孙权等人会合。周瑜去建业主角前往柴桑，周瑜收服玄武，众人前往柴桑，周瑜决定去白虎林收服白虎。来到白虎林收服白虎，小六出现，周瑜出现，原来周瑜是小六的师兄。众人前往曹军营寨，江边回忆月英，遇到曹操，曹操逃脱。主角召唤青龙和白虎，小六出现，周瑜、小六开战，周瑜实力相当，最终周瑜陨落，小六被封印。月英原谅主角，小乔受伤，周瑜出现，小六说出小乔是周瑜的弱点，小六使用“天魔解体大法”，周瑜使用“六道轮回”，两人实力相当，最终小六被消灭，月英香消玉陨。
第六章：结局 主角抱着月英的身体来到山顶，小乔发现她喜欢的不是周瑜，而是痴情的诸葛亮。游戏结束共有三个结局，其余结局需要玩家揣摩和时间，不同选择影响结局。
