Kate Walker，纽约女律师，受事务所业务派遣至欧洲小镇，意外卷入老人寻找失落小岛Syberia与传说中的长毛象的梦想。旅途艰辛同行者包括Hans及Hans的杰作——发条人Oscar。老人的梦想逐渐成为两人共同追求。游戏可回顾前作剧情，选择“Syberia Recap”。游戏起始列车抵达Romansburg小镇，与NPC深入交谈，对话中隐藏线索与剧情。Hans坚称目的地，暂留小镇，Oscar电话告知列车故障，需停留。
下车遇杂货店老板Emeliov上校，热心但粗心。与Oscar交谈，得知列车故障需停留。Emeliov告知煤已用尽，需补充。探索环境发现铁门、开关、卸煤机等，暂放一旁。
前往Emeliov店，上校正忙于修理糖果机，发现小钥匙。使用钥匙打开糖果机，获得零钱，购买糖果。询问煤事上校告知煤资源丰富，卸煤机故障，需等待。询问铁门钥匙，上校表示丢失。
前往卸煤机与Malka交谈，得知钥匙系于气球上。获得钥匙开启铁门，进入小镇。
与Malka交谈，得知Bourgoff兄弟可能了解卸煤机情况。前往Bourgoff兄弟住所，与Ivan交谈，得知卸煤机引擎需汽油，油罐旁无汽油。询问Bourgoff兄弟，得知汽油存在，但拒绝提供。
前往酒吧Cirkos告知Hans认识，希望其修复发条马。返回Bourgoff兄弟住所，发现油桶空，需寻找汽油。
在酒吧得知Cirkos认识Hans，希望其修复发条马。返回Bourgoff兄弟住所，发现汽油。替换油桶启动卸煤机，为列车装煤。
Oscar告知Hans失踪，寻找Hans，发现其晕倒，疑似发烧。寻找医生得知药已售完。Malka告知修道院可治疗Hans。Cirkos告知修道院规矩，女性不可进入。购买鸟笛与僧侣交谈，得知女性不可进入修道院，但可利用僧侣爱好。
获得“裹尸布”，前往修道院，发现自动升降梯无反应。与僧侣交谈得知女性不可进入，但可利用僧侣爱好。获得鸟笛与僧侣交谈，得知其爱好鸟类，用鸟笛召唤白渡鸦，趁机换上僧侣衣服，进入修道院。
制作蜡烛点燃后Hans病情减轻。长老告知Hans已无救，可祈祷。Hans告知特殊疗法，寻找Alexei Toukianov僧侣。发现僧侣偷听，获得纸条与彩色玻璃，得知Alexei已离开修道院。
寻找长老得知Alexei已去世。寻找长老得知Alexei已去世。在墓园发现墓碑，使用剪刀剪除荆棘，得知Alexei去世。寻找长老长老态度强硬，不允许私自离开。
在长老大厅壁画中发现密码符号，进入塔楼，发现机关密码。按顺序点燃灯台，启动机关，开启暗门，获得Alexei笔记本与Youkol纪念品。
查阅笔记本获得有用信息。将Youkol纪念品制成熏香，点燃蜡烛，Hans病情减轻。长老不在发现钥匙，打开铁门，发现大钟。拉绳僧侣集合，查看墓地，发现裂缝，利用棺材制成雪橇，与Hans返回小镇。
在飞机失事地点，发现飞行员Boris，打开无线电，获得飞机坐标。在雷达站调整天线方向，获得列车坐标，使用弹射装置返回列车。
在列车上发现机油、蓝图与Oscar手臂。在飞机处找到Boris，获得目的地坐标。返回列车使用坐标，弹射装置送回列车。
在列车上发现混乱，机油、蓝图与Oscar手臂。车外找到Oscar，使用机油恢复，告知断开客车。使用蓝图断开客车，列车继续前进。
在山坡上使用布毯停止猫头鹰图腾声音，穿上钉鞋，攀登山坡。与Ivan对峙，使用象牙匕首割断绳索，滑落。醒来后在Youkol人村庄，与族长交谈，得知Hans在女巫处。
在女巫处得知Hans被困梦境，需寻找梦中走廊之果。在村子外围发现岩洞，发现长毛象与迷宫。利用小旅鼠获得梦中走廊之果。
在女巫处使用梦中走廊之果，进入Hans梦境。在Valadilene山洞，发现Hans长毛象玩偶，与Hans姐姐Anna交谈，得知Hans被关在阁楼。
在Hans家中，使用闹钟支走Voralberg先生，进入阁楼，与Hans交谈，得知需打开Oscar心脏。离开女巫房间，与Oscar交谈，得知Hans已安排好一切。
回到列车使用Voralberg钥匙操作列车。在古船发现方舟。带上Youki，开始最后一旅程。
在岛上发现鲸牙，撬动锚，返回船上。在另一条路上，发现企鹅蛋，用俄罗斯套娃冒充第三个蛋，获得冰块。利用冰块漂向船，进入船舱，对抗Ivan。
在船上使用象牙钩、绳索与帆，击败Ivan。到达Syberia，获得Youkol徽章、石板与紫色花朵。在大门前使用youki与五块石板，获得象牙钥匙。吹响笛子召唤长毛象。完成老人与Kate的梦想，Syberia故事结束。
