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游戏初期需首要击败有马喜兵卫。战斗难度适中，可绕至其后或侧面进攻，敌手实力较弱。击溃喜兵卫后，亦为一名东北町MM复仇。建议在町内接受零工，积累资金以备修炼与购置装备。或先至京町接取讨债任务，随后至酒场赌博，通常赚取数千贯即能满足需求。京町商家茶屋有售价值7贯的防具色色威腹卷和价值6贯的武器定利，装备后前往诊疗所提升医术至3级以上，并学习止血技能，购买2贯药品备用。至伊贺修行忍术，直至掌握分身技能，体力不足时使用药品补充，为后续挑战做好准备。
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抵达京町后将得知著名剑客吉冈一门的情报，并遭遇自创严流的佐佐木小次郎。进入京町道场，击败师范代后进入，向吉冈清十郎挑战。比武中清十郎重伤不治。
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离开京町进入其他町时将遭遇佐佐木小次郎，他将吉冈传七郎的挑战书交给武藏。返回吉冈道场，击败吉冈传七郎。出町时将遭遇愤怒的吉冈一门挑战。武藏提前到达决斗地点，藏身树后，趁机击杀吉冈又七郎。随后与吉冈一门的师范代及门徒交战，在连续战斗中领悟二刀流（第三战）和虎振（第四战）。回到京町时将遭遇京町僧人泽庵宗彭指出武藏身上血腥之气。
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消灭吉冈一门后，可在六月参加京町御所的天览试合，届时仅有一些普通武将参与，胜出即可轻松获得圣骑士之铠。
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连胜达到15次后，将在町中遭遇锁链高手穴户梅轩挑战。
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连胜达到20次后，将在町中再次遭遇小次郎，目睹他以“燕返”绝技击败对手。
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连胜达到30次后，出町时将遇到小次郎约战，至赤间关町，出町后坐船至严流岛，与佐佐木小次郎展开宿命对决。胜出后将获得“燕返”。
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返回居住地武藏将撰写五轮书，此时可选择继续游戏或观看武藏结局。
武藏游戏初期即结识一名东北町MM，与4代剧情相仿。若与某MM好感度较高，可在前往严流岛前完成求婚（免费，实为节约之举）。
佐佐木小次郎：
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游戏初期钟卷自斋将钟卷流的印记和长刀“物干竿”交给小次郎，令其周游天下磨练武艺。
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来至京以外町，向路边浪人询问天下知名剑豪，对方回答有京的吉冈一门、柳生新阴流的柳生一门、一刀流的伊藤一刀斋及其弟子小野忠明，另有宫本武藏。
与小次郎路线相同，初期需磨练武艺，可至细川家居城找细川幽斋手合，拜其为师，学习香取神道流的剑术。
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小次郎前往京町，首先遇到吉冈一门的门徒，比赛取胜后至吉冈道场打败吉冈传七郎。此时传来武藏击败吉冈清十郎的消息。吉冈传七郎请求小次郎将挑战书交给武藏。
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离开京町进入其他町时将遇到武藏，将吉冈传七郎的挑战书交给武藏，返回吉冈道场，目睹宫本武藏击败吉冈传七郎。小次郎决定至德川家的江户城会知名剑豪。
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来至江户城击败德川家的兵法师范小野忠明，并约定将来再行比试。
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连胜达到11次后，在町中将遇到一名武士强买“物干竿”，小次郎以“燕返”绝技击败他，并自创流派“严流”。
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连胜达到18次后，在町中将遇到细川忠兴，邀请小次郎出仕，条件为战胜曾灭吉冈一门的宫本武藏。至赤间关町出町后坐船至严流岛，与宫本武藏展开宿命对决。胜出后将获得二刀流。
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细川忠兴邀请小次郎出仕，若答应则改名佐佐木严流，成为细川家的家老；若拒绝，返回自宅后将收到武藏的五轮书，此时可选择继续游戏或观看小次郎结局。
