1560年，游戏伊始，木下藤吉郎怀抱壮志，加入织田家，从一名足轻头起步，开启了辉煌的征程。初入游戏藤吉郎需参加信长召集的会议，信长仅赋予其简单任务，如买卖粮食等。
完成粮食交易任务后，前往京都出售粮食，再购买特产茜，转至附近町区倒卖，经过数回合操作，便积累丰厚资金。随后在粮价低廉的町区购买一千石粮食，待价格降至370贯（最低价）时出售，以此方式累积财富。
首次任务完成后，家中传来今川义元上洛的消息。信长城池位于义元上京必经之地，双方兵力悬殊，信长处于劣势。家中大老们议论纷纷，信长召开紧急会议，但未达成共识。夜间信长突然发兵奇袭今川本队，大败义元，义元亦遇害。史称“桶狭间会战”，藤吉郎所以成名。
完成任务后藤吉郎回家，偶遇宁宁，两人决定结婚。婚礼由好友前田利家夫妇操办。返回清洲町老家向母亲报平安，告知弟弟小一郎（秀长）此事，回到家中即可举办婚礼。
三河的松平元康独立成为大名，并与信长结盟。数月后信长宣布攻打美浓，计划在墨吴地区建城。派胜家筑城失败，期间需全力修炼技能。
此时藤吉郎与旧友蜂须贺小六在井口町相遇。信长派藤吉郎前往墨吴筑城，在蜂须贺小六协助下，墨吴城迅速建成。战后蜂须贺小六改名为蜂须贺正胜，成为藤吉郎下臣，藤吉郎升任足轻大将。
回家后宁宁提醒藤吉郎前往清州收服弟弟小一郎。小一郎加入后，数月后发生竹中半兵卫以少数人夺取稻叶山城事件。信长派藤吉郎劝诱半兵卫加入，经过多次劝说，半兵卫最终加入。
下月会议信长派藤吉郎劝诱美浓三人众。利用安藤守与半兵卫的关系，成功劝降三人众。氏家卜全降伏后，告知藤吉郎斋藤龙兴军队不守卫山后小门的弱点。藤吉郎献计最终攻下稻叶山城，斋藤灭亡。
战后倔尾茂助改名倔尾吉晴，成为藤吉郎属下。稻叶山城改名为歧阜城，藤吉郎移居至此。信长发布天下步武印章，并将阿市许配给浅井长政为妻，巩固同盟。
足利义辉将军被三好三人众杀害，义召逃亡。数月后信长平定伊势，义召派明智光秀晋见信长，协助其上洛。信长留光秀于帐下。
信长平定六角，攻下二条城后，义召上洛，以副将军身份授与信长。信长拒绝成为拥护将军的第一大名，声望急剧上升。信长对界町众、寺庙和石山本愿寺收取高额费用，限制义召行动，为日后关系恶化埋下伏笔。
上洛后松永久秀献上九十九发茄子，赦免罪过。界的商人纳屋今井宗久献上钱财，成为御用商人。
数月后信长发现义召发布讨伐信长的书状，派藤吉郎调查，得知越后朝仓义景起兵。信长发兵攻打，途经浅井领地，在金崎前阿市派人送来一包小豆，绳索捆绑。藤吉郎判断浅井背叛，建议信长撤退，自己率军殿后。此即为著名的“金崎殿后”。
信长集结兵力，与家康联军合力战败朝仓和浅井联军。败兵逃入比睿山，信长下令烧寺，寺内任何人格杀勿论。此即为“火烧比睿山”。
战后信长将今滨城交给藤吉郎，任命其为城主。藤吉郎改名羽柴秀吉，明智光秀被封为扳本城城主。秀吉娘将亲戚介绍给秀吉当武将，加藤清正和福岛正则加入。在今滨町民家遇到石田三成，发生“三碗茶”事件，三成加入。秀吉大兴土木改造今滨城，黑田官兵卫加入。
得知义召起兵消息，信长亲领大军讨伐。建议在信长之前到达二条城，骗取细川藤孝。此时可四处劝诱人才，如武田家的真田昌幸、毛利家的小早川隆景等。
数月后今滨城建成，更名为长滨城，二条城被攻陷，义召被流放。此后玩家拥有较高的自由度，可自行操控游戏。
攻打朝仓时让信长亲自领兵攻下小乘谷城，发生朝仓家内部叛变，朝仓景镜杀义景投奔信长。柴田胜家被封为北ノ庄城主，信长下达攻打近几的命令。
难点：攻打丹波龟山城前，需先攻下八上城和福知山城。攻下丹波龟山城后，明智光秀被移封，而本能寺的条件需光秀掌控丹波全域，故需先攻下八上城和福知山城。
石山本愿寺城必须攻下，不可劝降或从属。攻下胜龙寺城后，信长移居静音寺城，铸造大城，安土城落成。
石山本愿寺攻落后，近几无大名存在，直接攻下长岛城。回长滨后赤松降伏。信长派使者告知义召投奔毛利家，与毛利敌对，移封秀吉为盘磨国主，居城在姬路。光秀为丹波国主，居城在丹波龟山，胜家居城在北ノ庄。
宇喜多直家流放其主公浦上宗景，攻下宇喜多直家领地后，等待时间。1572年后，信忠、信孝、信雄元服，武田家被德川灭，胜家、光秀、信长居城，秀吉回家，进入会议室自动发生本能寺之变。
秀吉在姬路集结兵力，与光秀一战，以18000VS10000的绝对优势战胜光秀。史称“天王山会战”。明智光秀在小傈村被农民和野武士袭击，头颅被割下献给秀吉。
光秀土地尽归秀吉所有，家中的各大重臣都靠向秀吉一方。回家后受柴田胜家委托，到清洲城讨论织田家未来。胜家拥护织田信孝为继承人，秀吉一方拥护幼年的三法师。
会议结果为各自回到封地，守卫疆土。史称“清州会议”。清州会议后天下格局发生重大改变，九州岛津、东北伊达、关东北条、越后上杉、四国长宗我部等各自平定疆土，对分裂的织田家虎视眈眈。
回城后为信长举行隆重葬礼，给世人留下秀吉是信长继承人的印象。数月后信孝开始蠢蠢欲动，将姑母阿市嫁给柴田胜家，对秀吉发起攻击。金崎附近的贱岳发生合战，柴田军大败，史称“贱岳之战”。
金崎城被攻陷后，自动发兵攻打胜家的居城北ノ庄城，城落后，胜家和阿市在天守阁自爆，柴田军灭亡。信孝领地归秀吉所有。
信孝自杀数月后，信雄杀害秀吉派去的三家老，与德川家康联盟起兵讨伐秀吉。秀吉亲率大军至歧阜，军中羽柴秀次进言攻打德川因出兵而空虚的冈崎城，秀吉采纳其建议。
德川家康老谋深算，识破秀次的计谋，两军在小牧山短兵相接，以家康胜利告终。秀吉损失不大，与家康和议，各自收兵回城。史称“小牧山手久合”。
秀吉亲至信雄居城，信雄得知家康退兵消息后，无奈臣服于秀吉。秀吉回姬路后，在难波（石山本愿寺）处建大城，移居，半年后建成，取名“大坂”。
PS：此时需关注时间，1560年剧本中，德川秀康只有1588年才能元服，故剧情需在1588年继续。若前期玩得太快，后续剧情将无法顺利进行。
石川数正来投，秀吉将其收为帐下，数正将德川家康的用兵方法、城市情况、物资等情况汇报给秀吉。选择不予录用，数正将切腹。
一月后本多正信议和，秀吉提出收德川秀康为义子，欲将自己的妹妹嫁给家康，让家康亲自前来。一月后家康前来，将儿子过继给秀吉，并赐字“秀”，取名“德川秀康”，并将妹妹嫁给家康，家康臣服。
此后剧情基本结束。九洲讨伐军以及攻打小田原等战役在本作中未涉及，需等待朝廷贡献提高，茶艺高超时，京都的菊亭情季会建议开茶会，即“北野大茶会”。之后发生“正一位禅命”，羽柴秀吉改名为丰臣秀吉。
