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在宫本武藏剧情第一章节，玩家需率先击败有马喜兵卫。此战难度适中，玩家可选择绕至敌人身后或侧面进行攻击，敌方实力较弱。击败喜兵卫的同时也为一名女子报了仇，该女子位于东北町。建议玩家在町内接取零散任务，积累资金以备修炼和购买装备。另外可前往京町接受讨债任务，并在酒场赌博以赚取数千贯钱。在京町商家茶屋，玩家可购买价值7贯的防具色色威腹卷和价值6贯的武器定利，并装备之。至京町诊疗所提升医术至3级以上，学习止血技能，并储备价值2贯的药品。随后前往伊贺里修炼忍术，直至掌握分身技能，体力不足时使用药品补充。以上准备将为后续挑战打下坚实基础。
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来到京町后玩家将得知著名剑客吉冈一门的信息，并偶遇自创严流的佐佐木小次郎。进入京町道场，击败师范代后进入道场内部，向吉冈清十郎发起挑战。比武过程中清十郎重伤身亡。
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离开京町在其他町中会遇到佐佐木小次郎，他将吉冈传七郎的挑战书交给武藏。返回吉冈道场，击败吉冈传七郎。出町时将遭遇悲愤的吉冈一门挑战。武藏提前到达决斗地点，隐藏于树后，趁机击杀吉冈又七郎。随后与吉冈一门的师范代和门徒交战，在连续战斗中领悟二刀流（第三战）和虎振（第四战）。回到京町时遇到京町僧人泽庵宗彭，其指出武藏身上带有血腥之气。
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消灭吉冈一门后，于六月参加京町御所的天览试合。届时仅有一些普通武将出场，玩家可轻松取胜，获得圣骑士の铠。
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连胜15次后，在町中将遇到挑战的锁链高手穴户梅轩。
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连胜20次后，再次遇到小次郎，目睹他以“燕返”绝技击败对手。
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连胜30次后，出町时将遇到小次郎的约战。抵达赤间关町后，玩家可乘船前往严流岛，与小次郎展开宿命对决。胜出后将获得燕返技能。
武藏自游戏初期便认识一名东北地方女子，与第四代剧情相似。若与某位女子好感度较高，可在前往严流岛前完成求婚（免费，实为节省资源之策）。
