序章：Eden Prime 游戏在Normandy成功进入质量中继点后展开。Joker对随行的Spectre特派Nihlus表现出不满，对Nihlus的回答将影响道德值，这是游戏中的第一次选择。玩家可以在船上自由探索和交谈。随后进入通信室，与Anderson和Nihlus对话，了解到此次任务的重要性。Eden Prime上发现了一台仍在工作的先贤族信号发生器，为了保证仪器安全并评估主角实力，Nihlus随行。突然收到Eden Prime被不明敌人袭击的信号，Nihlus先行下船探路，主角带领特别行动队随后支援。下船后玩家可以选择忽略前方的飘浮生物，或利用它们练习射击。注意避免使用未经训练的武器，因为它们在精准度和伤害力上都会大幅下降。向前行进将遇到队友被Geth击杀的剧情，这是游戏中的第一场战斗。注意掩护是关键，走到墙壁等掩护物时人物会自动进入掩护模式，对于低矮的掩护物，需先蹲下再进入掩护模式。使用LB键快速切换武器，RB键快速释放技能（按住RB后在希望的技能上按X将其设置为快捷技能）。LT键用于瞄准，但未经训练的武器无法瞄准。RT键用于射击，Y键用于使用急救药。配合掩护几只Drone可以轻松解决。战斗结束后不要忘记调查队友的尸体，以获得道德点数。
第一章：The Citadel 与Udina交谈后，玩家可以自由行动，并尝试黑入他的电脑。出门后可以直接前往Citadel塔参加听证会，在塔内遇到Garrus，他正在试图调查Saren。走上台阶见到Anderson，进入听证会。听证会以失败告终，最高议会袒护Saren。会后Anderson建议玩家去情报贩子Shadow Broker的分部或Chora's Den寻找线索。任务开放性较强，玩家可以自由选择行动路径。可以先调查Wrex，然后去Csec找他加入队伍，或触发Garrus的剧情。在Citadel周围也可以接到任务，但建议先不要接太多任务，因为主角的Charm/Intim值可能不足以获得丰厚报酬。如果先去Chora's Den找Harkin，可能会遭到Turian杀手的袭击。完成Garrus和Wrex的剧情后，杀手将不再出现，Harkin也无法再与玩家对话。最终目标是找到背叛情报组织、将寻求保护的Quarian人出卖给Saren的Fist。战斗结束后搜索房屋并冲出去救Quarian。路上会遇到Turian和Salarian杀手的联合袭击，全灭敌人后与Quarian对话。得知Tali无意中发现了Saren和Geth勾结的罪证并被追杀，玩家保护了她，并将证据公布给最高议会，使Saren被定罪。但由于政治原因，议会不能出动大规模军队搜查，玩家被任命为Spectre特工，专职追击Saren。随后玩家获得新的Talent和更高的Charm/Intim升级段数，可以开始做支线任务，如Asari Consort的任务，Renegade玩家还可以看到床戏。进入Csec中心的电梯到达港口，Udina和Anderson告诉玩家三个可以调查的星球：Feros、Noveria和Therum。这三个地点是三个独立的章节，玩家可以按照自己的喜好选择先后顺序。
第二章：寻找Liara 本章一开始，玩家需要做一场演讲，这将获得道德加成。进入Liara发掘工作的星系，登陆Therum星球。熟悉Mako的操控，注意右遥杆用于控制前后左右，左摇杆用于射击，LT键用于瞄准，按住LT键中点击右遥杆可以精确瞄准。RT键用于机抢，RB键用于大炮。A键用于喷射，Y键用于原地修复，B键用于下车。向前行进遇到Geth飞船降下的Armature，Mako可以轻松应对。继续前进遇到炮台守卫的基地大门，打掉炮台后门才能打开。进入基地内部，消灭Geth兵，注意红色火箭筒兵Juggernaut和Rocket Trooper的威胁。基地内有许多箱子，不要忘记打开。打开北边的门继续前进，会遇到Armature，Mako可以应对。在某个窄口Mako无法通过，需要步行。一路上要小心Geth狙击手，注意躲避红色激光瞄准。如果有狙击手类型，可以远距离击杀狙击手。继续前进遇到厂房类型的建筑物，请存档。接下来将面对第一个有挑战性的Boss战，敌人包括狙击手、足兵和Stalker，还有一只Armature压阵。使用Tech技能对Boss战非常有效。
第三章：Noveria 一行人来到冰天雪地的星球Noveria，
