在2013年地球灾难之前，主角安东出生，随后整个地球被核火摧毁。安东年幼时对这场核灾难毫无记忆，也不知为何地球会遭遇这样的灾难。但是他与其他约4万人在莫斯科地铁中幸存了下来。这20年间，人们在地铁的各个站台和停车场建立了聚居地，尽管生活艰难，但大家始终抱有重返地面的希望。
随着时间的推移，人们想方设法改善生活，懂机械的修理机械，懂电子的修理电子设备，还有人抱回了一窝窝的小猪和小兔子。尽管生活艰难，但人们仍能勉强维持生计。但是随着时间的流逝，人们开始感到寂寞，于是便创造了自己的娱乐节目和帮派，如红军、纳粹和黑市组织等，各自为阵，形成了不同的信仰和规矩。
直到有一天安东所在的聚居地遭到了具有某些智力的突变生物有组织的攻击。这些生物逐渐摧毁了小聚居地，阻碍了地铁各站台和停车场之间的贸易交流，人们人心惶惶，仿佛末日即将来临。
游戏一开始的倒叙结局部分，揭示了主角安东的故事。某天安东的老朋友猎人来访，带来了关于怪物的消息。猎人分析这些怪物是通过医院的血腥味找到进来的路。安东在猎人的指导下，成功消灭了怪物。但是就在这时，继父阿历克斯的前卫岗哨被怪物全灭。
猎人认为事态严重，决定前往更边缘的聚居地调查。在离开前他交给安东一个猎人狗牌，并告诉他如果自己早上还没回来，就拿着这个牌子去Polis站找米勒报告情况。
但是猎人未能回来，安东决定前往Polis报信，但暂时无法上路。后来安东决定报名参加Riga站的守卫，以寻找前往Polis的机会。
在Riga站，安东领取了基本的装备，包括防毒面具、面具过滤器、土制冲锋枪和子弹等。在出发前他遇到了想搭顺风车的老头鲍里斯。在前往Riga站的途中，他们遭遇了突变生物的袭击，安东和尤金、鲍里斯一起奋力抵抗。
但是安东在战斗中不幸坠车，醒来后发现自己身处地下世界。在这里他遇到了波旁，一个自称知道秘密通道的人。波旁教会了安东在地下世界旅行的入门知识，包括怪声、突变生物、罐头盒子、陷阱和强盗等。
波旁还告诉安东，地下世界充满了危险，但他也承诺，如果安东帮助他完成某个任务，他会送给安东一把AK。安东虽然对波旁的动机有所怀疑，但出于好奇和贪婪，他还是答应了。
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