在《FEAR2》的世界中，恐怖女王阿尔玛再度降临，为了阻止她的疯狂复仇，玩家将扮演三角洲部队的迈克尔贝克特，投身于一场惊心动魄的冒险。故事发生在前作主角行动结束前的三十分钟，贝克特和队友的任务是前往抓捕ATC公司的董事长吉纳维芙阿里斯蒂德。但是一场突如其来的幻觉让他们陷入了危机。
贝克特在抵达目的地后，发现了一群神秘的武装分子，他们是ATC公司的精英部队，装备精良，实力强大。贝克特在消灭敌人后，意外地发现了一份名为“先驱计划”的文件，揭示了阿尔玛的复仇计划，以及自己与队友的牵连。在与阿里斯蒂德对话时，贝克特再次陷入幻觉，得知原初实验室的核反应堆被引爆，而黑衣人正站在他面前。
贝克特在昏迷中醒来，发现自己身处地下医院，身边是自己队友的尸体。在逃离医院的过程中，他遇到了自称“Snake Fist”的陌生人，声称要帮助他对抗阿尔玛。贝克特发现这里其实是ATC的基地，用于生产和培训克隆士兵。
贝克特在基地对抗训练场与克隆士兵激战，最终成功回到地面。与队友汇合后，他们前往Snake Fist所说的藏身地点——韦德小学。在学校中他们遭遇了ATC克隆士兵和精英部队的攻击，但贝克特凭借智慧和勇气，成功突破重围。
在学校地下室，他们发现了一处ATC的研究所，原来这里是为“模范计划”培养具有类似阿尔玛潜能的孩子的基地。贝克特和队友发现了“先锋计划”的端倪，该计划旨在培养具有精神控制能力的克隆士兵。最终Snake Fist现身，他是ATC的员工，告诉众人要打败阿尔玛，必须借助ATC的核设施下的基地。
在前往寂静岛的途中，贝克特和队友遭遇克隆士兵的伏击，基冈中士精神崩溃。在击败克隆士兵和阿尔玛幽灵的夹击后，贝克特与斯托克丝汇合，前往寂静岛地下设施。但是斯托克丝在启动设施时被阿里斯蒂德枪杀，原来她一直在利用贝克特和队友。
贝克特和阿里斯蒂德被一同封印，最终在阿里斯蒂德的计划下，阿尔玛被引诱至基地。贝克特被送入最终的幻象，击败基冈后，他逃出了幻象，但仍然被困在封印中。在解除封印后，阿尔玛出现，似乎没有要杀死贝克特的意思。贝克特看到她隆起的腹部，似乎已有了身孕。阿尔玛温柔地拉起贝克特的手放到自己的肚子上，贝克特听到了腹中一个小女孩在呼唤“妈妈”。
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