合金装备与生化尖兵之间的联系如下：Nathan Spencer与Solid Snake、Mag与Meryl Silverburgh、Sniper与Ninja/Grey Fox、Super Joe与Big Boss、Gottfried Groeder与Liquid Snake、Project Albatross与Metal Gear、Bioreign与Foxhound。显而易见生化尖兵的游戏结构与MGS高度相似，相似度高达95%。至于最后的莫尔斯代码，许多人都在询问。以下是代码的翻译：
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翻译后的内容为：BESTAETIGE. AUSFUEHRUNG VON PSASE ZWEI VORBEREITET. AKTIVIERE PROJEKT ALBATROSS. 其中，“AKTIVIERE”应为“ACTIVERE”，意为“启动”。整体翻译为：“第2阶段完毕，启动信天翁。”
信天翁是前作帝国军的终极武器——飞行要塞。这意味着游戏续作必定会推出。剧情讲述了斯宾塞对抗帝国飞行要塞的故事。另外这也暗示了秃鹫计划虽然失败，但其背后还有更大的计划——复兴帝国。
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