在双人模式中，除了之前的Hunter和Last Stand，还有双人故事模式和FaceOff。双人故事模式则是对本篇故事的一个补充。众所周知在试玩版中，山姆要去解除一个EMP装置，而这个EMP装置与一个邪恶计划有关（剧透保留）。双人故事模式正是为了补充这部分剧情。玩家可以选择扮演3E的探员ARCHER（射手）或是俄国Voron的探员KESTREL（红隼）。我个人认为这个模式比本篇故事还要难玩。在装备选择上，手榴弹配件只能选择其中的两个，而本篇的山姆则拥有全部五个。游戏中常常有限制，比如遇到警察不能杀，只能击倒（与前几代类似）。有些场景只要被发现就算失败，地图的复杂度也比本篇要高很多。
在此我不得不抱怨一下。谍报游戏搞双人对战模式就算了，但双人合作模式却是让人感到沮丧。有时候另一个人似乎只是在拖后腿。我有一个朋友跟我玩，他完全是来乱的。我需要救他同时还要处理一堆敌人的援兵。后来我火了就自己一个人玩，另一个人就放着不动，最终在Realastic难度下通关了（洒花）。大部分情况下，一个人是可以处理的，但比较麻烦的是，每次过检查点必须要两个人一起过。所以第一个人过的时候，路途上的敌人要清乾净，以免第二个人过去发生意外，导致整个游戏需要重头再来。有些地方需要两人合作，这时候手会“稍微”忙一点了。后期有地方更难，需要在5分钟之内骇4个终端机。这时候就必须一个人正在骇的过程赶快操作另一个去骇别台，同时要注意两个画面的敌人，互相支援和掩护对方。虽然有点难但也不是不可能。我都通关了表示一人饰两角也并非不可能，但是游戏的情况和熟练度要够，否则会没办法处理两个人的紧急情况。多人故事结局让我有点感伤，玩到结局的时候觉得好难过Q_Q。
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